ครั้นถึงฤดูฝน พวกนายทัพนายกองพม่าพากันร้องทุกข์ต่อมังมหานรธาว่า ฝนตกชุกแล้วไม่ช้าน้ำเหนือก็จะหลากลงมา จะรบพุ่งต่อไปเห็นจะเป็นการลำบากนัก ขอให้เลิกทัพกลับไปเสียคราวหนึ่งก่อน เมื่อฤดูแล้งจึงกลับมาตีกรุงศรีอยุธยาใหม่ มังมหานรธาไม่เห็นด้วย และว่ากรุงศรีอยุธยาขัดสนเสบียงอาหารและกระสุนดินดำจนอ่อนกำลัง จวนจะตีได้อยู่แล้ว ฝ่ายกองทัพพม่าก็ได้ ตระเตรียม ทำไร่ทำนา หาอัตคัตสิ่งใดไม่ ถ้าเลิกทัพกลับไปเสีย ไทยก็จะได้ช่องทางหากำลังมาเพิ่มเติม เตรียมรักษาบ้านเมืองกวดขันกว่าแต่ก่อน ถึงยกมาตีอีกที่ไหนจะตีง่ายเหมือนครั้งนี้ มังมหานรธาจึงไม่ยอม ให้ทัพกลับ ให้เที่ยวตรวจหาที่ดอนตามโคกตามวัดอันมีอยู่รอบพระนคร แล้วแบ่งหน้าที่กันให้กองทัพแยกออกไป ตั้งค่ายสำหรับที่จะอยู่เมื่อถึงฤดูน้ำ และให้ผ่อนช้างม้าพาหนะไปเลี้ยงตามที่ดอนในหัวเมืองใกล้เคียง แล้วให้เที่ยวรวบรวมเรือใหญ่น้อยมาไว้ใช้ในกองทัพ เป็นจำนวนมาก

พอกองทัพพม่าเตรียมการที่จะทำศึกในฤดูฝนฤดูน้ำหลากเสร็จ มังมหานรธาก็ล้มป่วยลงและถึงแก่กรรม ที่ค่ายบ้านสีกุก แต่เหตุที่มังมหานรธาถึงแก่กรรมกลับเป็นโทษแก่ฝ่ายไทย ด้วยแต่ก่อนมากองทัพพม่าฝ่ายเหนือ กับกองทัพพม่าฝ่ายใต้มักแก่งแย่งกัน ด้วยต่างฝ่ายต่างก็เป็นอิสระมิได้ขึ้นแก่กัน ครั้นมังมหานรธาถึงแก่กรรมลง (จากหลักฐานของฝ่ายพม่า มังมหานรธาน่าจะเสียชีวิตประมาณปลายเดือนธันวาคม พ.ศ. 2309 หรือต้นเดือนมกราคมของปีถัดไป)

เนเมียวสีหบดีก็ได้เป็นแม่ทัพใหญ่ขึ้นบังคับบัญชากองทัพทั้งหมดแต่ผู้เดียว ก็ส่งผลให้กองทัพทั้งฝ่ายเหนือ และฝ่ายใต้สมทบกันเข้าล้อมกรุงศรีอยุธยา ตัวเนเมียวสีหบดีย้ายจากค่ายปากน้ำประสบมาอยู่ที่ค่ายโพธิ์สามต้น ( ทวน บุณยนิยม , 2513 : 36 - 37)

ข้อพิจารณา
พงศาวดารไทยกล่าวตรงกันว่ามังมหานรธาป่วยเป็นไข้ตาย แต่เวลาต่างกันมาก ราวกับว่าเสียชีวิตก่อนถึงฤดูน้ำหลาก ในหนังสือ History of Siam ของ Turpin ว่าการเสียชีวิตของมัง มหานรธานั้น (เกิดขึ้นภายหลังจากที่ฑูตไทยถูกส่งออกไปเจรจาสงบศึกกลับมาได้ 5 วัน, สุเนตร ชุตินธรานนท์, 2541 : 63) มีผู้กล่าวกันว่าเป็นการกระทำของเนเมียวสีหบดี ซึ่งมีความขัดแย้งกันอยู่ก่อนกับมังมหานรธา
ระหว่างมังมหานรธาและเนเมียวสีหบดีนั้น มังมหานรธาเป็นผู้มีอำนาจสิทธิขาดในการตัดสินใจเสมอ แม้ในกรณีที่ยืนหยัดให้ล้อมกรุงในฤดูน้ำหลาก การใช้การขุดอุโมงค์ใต้ดินในการเข้ายึดพระนคร แม้ว่ามังมหานรธาและเนเมียวสีหบดีจะมีความขัดแย้งกัน แต่ก็ไม่มีหลักฐานที่ว่ากองทัพทั้งสอง ขาดการประสานงานกัน ตรงกันข้ามได้ปฏิบัติการสนับสนุนซึ่งกัน และกันตลอดมา ดังนั้นการตายของมังมหานรธามิได้มีส่วนช่วยให้ สถานการณ์ของอยุธยาเปลี่ยนแปลงอย่างใดเลย