ตามหลักฐานในพระราชพงศาวดารไทยว่า ในระหว่างล้อมกรุงศรีอยุธยา พระเจ้าอลองพญาทรงบัญชาการจุดปืนใหญ่ด้วยพระองค์เอง เผอิญปืนใหญ่แตกถูกพระองค์บาดเจ็บสาหัส จนต้องยกทัพถอยกลับขึ้นไปทางเหนือ โดยให้แม่ทัพรองคอยระวังหลัง เมื่อพม่าถอยทัพไปถึงบริเวณ เมืองระแหง หรือตาก พระเจ้าอลองมินตยาคยีก็สิ้นพระชนม์ ( พระชนมายุเพียง 46 พรรษา ) ราชบุตรมังระทรงส่งข่าวลับเฉพาะไปถึงพระมหาอุปราช ( นองดอคยี ) และให้ปิดความแก่ทหารทั้งกองทัพ ผู้ที่ทราบเรื่องนี้มีแต่แม่ทัพไม่กี่คน พม่านำพระศพกลับผ่านหงสาวดีและร่างกุ้ง ไปถวายพระเพลิงที่กรุงรัตนสิงห์ แล้วนำพระอัฐิอังคารไปบรรจุที่พระเจดีย์ที่ตำบลชเวโบ (ชูสิริ จามรมาน , 2527 : 62) แต่ในพงศาวดารหอแก้วเล่าว่า ในระหว่างการล้อมราชธานีของไทยเป็นเวลา 5 วัน พระเจ้าอลองพญาทรงพระประชวร เพราะเป็นฝีหัวช้างเม็ดใหญ่ (เชาว์ รูปเทวินทร์, 2528 : 644) และในที่สุดต้องล่าทัพกลับไป พระองค์สิ้นพระชนม์ที่ ตำบลเมาะกโลก ใกล้เขต เมืองเมาะตะมะ เมื่อเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2303 ขณะนั้นพระองค์มีพระชันษา 45 ปี แต่หนังสือประวัติศาสตร์พม่าของ หม่องตินอ่องรับรองหลักฐานของไทย อนึ่งเหตุผลที่ว่าพระเจ้าอลองพญายกกองทัพมาตีกรุงศรีอยุธยาครั้งนั้น เพราะว่าไทยบุกรุกชายแดนเมืองทวายก็ไม่ตรงกับหลักฐานไทย จากหลักฐานในหนังสือประวัติศาสตร์เอเชีย ตะวันออกเฉียงใต้ของศาสตราจารย์ ดี.จี.อี. ฮอลล์ ซึ่งเป็นนักประวัติศาสตร์เป็นกลางได้วิจารณ์ว่า พงศาวดารหอแก้วมักพรรณาเรื่องราวว่าด้วยสัมพันธภาพระหว่างไทยกับพม่าโดยเข้าข้างพม่า หนังสือเล่มนี้ระบุว่า พระเจ้าอลองพญาต้องการ “ บุกประเทศไทย ” มิใช่ไทยเป็นผู้ก่อเหตุขึ้นก่อน นองดอคยี หรือเยาดอกะยี ( มังลอก ) พระราชโอรสองค์ใหญ่ครองราชย์ต่อจากพระเจ้า อลองมินตยาคยี ฝ่ายพระเจ้าตองอูผู้เป็นปิตุลาก็เป็นกบฎขึ้น พม่าต้องเสียเวลาปราบปรามมอญและ เมืองตองอูจนสงบ นองดอคยีครองราชย์ เพียง 3 ปี (พ.ศ. 2303-2306) ก็สิ้นพระชนม์ มังระพระอนุชาได้ครองราชย์สืบต่อมาเป็นองค์ที่ 3 ของราชวงศ์อลองพญา กษัตริย์มังระ เป็นผู้มีฝีมือเข้มแข็งในการศึกสงครามยิ่งนัก พม่ายกย่องว่าเทียบได้กับพระเจ้าบุเรงนอง (ผู้ชนะสิบทิศผู้ตีกรุงศรีอยุธยาแตก ในครั้งที่1) พระเจ้ามังระเป็นราชบุตรที่พระเจ้าอลองพญารักใคร่วางใจมาก ออกศึกทำสงครามเคียงกับพระราชบิดามาแต่พระชนม์ไม่เต็ม 20 พรรษา เคยเป็นแม่ทัพคุมทหารนับหมื่นออกทำสงครามกวาดล้างบรรดาหัวเมืองมอญภาคใต้ไว้ในอำนาจทั้งหมด (เชาวน์ รูปเทวินทร์, 2528 : 648)