ต่อมาในแผ่นดินสมเด็จพระเจ้าปราสาททอง (พ.ศ. 2172-2231) ได้ฆ่าขุนนางพวกสมเด็จพระเชษฐาธิราช (พ.ศ.2171-2173) แต่จำนวนไม่มากเท่า ครั้นถึงแผ่นดินสมเด็จพระนารายณ์มหาราช (พ.ศ.2199-2231) ได้ฆ่าขุนนางที่เป็นพวกสมเด็จเจ้าฟ้าชัยและสมเด็จพระศรีสุธรรมราชาจนเกือบหมด จึงต้องใช้ขุนนางแขก ขุนนางลาว และขุนนางฝรั่ง เช่น พระยารามเดโช พระยาราชวังสัน พระยาสีหราชเดโช และเจ้าพระยาวิชชาเยนทร์ เป็นต้น ( จากพงศาวดารกรุงเก่า : 67-68) ระหว่างที่สมเด็จพระนารายณ์มหาราชประชวรอยู่ที่พระราชวังเมืองลพบุรี พระเพทราชาและขุนหลวงสรศักดิ์ก็เริ่มกำจัดทั้งเชื้อพระวงศ์ ทั้งข้าราชการไทยและต่างชาติที่เป็นคู่แข่ง หรือนิยมฝรั่งเศส แผ่นดินสมเด็จพระเพทราชา (พ.ศ.2231-2246) ทรงตั้งเจ้าฟ้าศรีสุวรรณขึ้นเป็นพระราชกัลยาณี ทรงตั้งกรมหลวงโยธาทิพพระบรมราชภคินีและกรมหลวงโยธาเทพ พระราชธิดาในสมเด็จพระนารายณ์มหาราชเป็นพระมเหสีฝ่ายขวาและซ้ายตามลำดับ หลังจากทรงยกย่องภริยาเดิมเป็นมเหสีกลาง เมื่อพระมเหสีใหม่ทั้ง 2 พระองค์ประสูติพระราชโอรสองค์ละองค์ สมเด็จพระเพทราชาก็ทรงโปรดปรานยกย่องพระราชโอรสมาก เพราะทั้งสองพระองค์เป็นพระราชนัดดาในสมเด็จพระนารายณ์มหาราช ซึ่งเป็นที่เคารพรักของข้าราชบริพารทั้งหลายมาก แม้จะยังคงให้ขุนหลวงสรศักดิ์เป็นพระมหาอุปราชดังเดิม แต่พระมหาอุปราชก็ทรงแคลงพระทัยในพระราชโอรส ในสมเด็จพระเพทราชา พระองค์หนึ่งคือ เจ้าพระขวัญ ส่วนอีกองค์หนึ่งคือ พระตรัสน้อย พระมารดาทรงนำไปสร้างพระตำหนักอยู่ใกล้วัดพุทไธศวรรย์ ถึงพระชนม์ได้ 13 พรรษา โปรดให้ทำพิธีโสกันต์ แล้วผนวชเป็นสามเณร 5 ปี ทรงเรียนพระธรรมแตกฉาน ทรงลาผนวชเพื่อศึกษาวิชาการต่างๆ แล้วพอชนมายุครบ ก็ผนวชเป็นพระภิกษุจึงพ้นราชภัยไป อีกทั้งในแผ่นดินสมเด็จพระเพทราชา ต้องไปตีเมืองนครศรีธรรมราช เมืองนครราชสีมา ขุนนางที่มีฝีมือทางการรบก็คงจะตายไปเป็นจำนวนมาก