แต่เป็นหินะเพศต่ำกว่าพระภิกษุ อันพระสงฆ์ถึงเป็นปุถุชนก็ตั้งอยู่ในอุดมเพศอันสูงสุด เหตุด้วยทรงผ้ากาสาวพัสตร์และพระจัตตุปราวิสุทธศีลอันประเสริฐ ซึ่งจะไหว้นบคฤหัสถ์ อันเป็นพระโสดาบันนั้นหาควรไม่ ” สมเด็จพระเจ้าแผ่นดินพระเจ้ากรุงธนบุรี ได้ทรงฟังก็พระพิโรธว่า “ ถวายพระพรผิดจากพระบาลี ด้วยพวกที่ว่าควรนั้นเป็นอันมาก ว่าไม่ควรแต่สามองค์เท่านี้ จะใช้ได้หรือ ” จึงดำรัสให้พระโพธิวงศ์ พระพุทธโฆษาจารย์ เอาตัวสมเด็จพระสังฆราช (ศรี) พระพุฒาจารย์ พระพิมลธรรม กับฐานาเปรียญอันดับซึ่งเป็นอันเตวาสิกลัทธิวิหาริกแห่งราชาคณะทั้งสามนั้นไปลงทัณฑกรรม ณ วัดหงส์ทั้งสิ้น รับสั่งให้ตีหลังพวกพระราชาคณะองค์ละ 100 ที พระฐานาเปรียญให้ตีหลังองค์ละ 50 ที พระสงฆ์อันดับให้ตีหลังองค์ละ 30 ที นับพระสงฆ์ที่ยังตั้งอยู่ในศีลในสัจพวกว่าไหว้ไม่ได้นั้น ทั้งสามพระอารามเป็นพระสงฆ์ถึง 500 รูป ต้องโทษถูกตีทั้งสิ้น และพวกพระสงฆ์ทุศีลอาสัจอาธรรม์ ว่าไหว้ได้มีมากกว่ามากทุกๆ อาราม และพระราชาคณะทั้งสามพระองค์กับพระสงฆ์ อันเตวาสิกซึ่งเป็นโทษทั้ง 500 นั้น ตรัสให้เอาตัวไปขนอาจม ชำระเว็จกุฏิวัดหงส์ทั้งสิ้นด้วยกัน แล้วถอดพระราชาคณะทั้งสามนั้น ออกจากสมณฐานันดรศักดิ์ ชงเป็นอนุจร แล้วทรงตั้งพระโพธิวงศ์เป็นพระสังฆราช พระพุทธโฆษาจารย์ เป็นพระวันรัตน์ ครั้งนั้นมหาภัยพิบัติเกิดในพระพุทธศาสนาควรจะสังเวชยิ่งนัก บรรดาคนทั้งหลายซึ่งเป็น สัมมาทิษฐินับถือพระรัตนตรัยนั้น ชวนกันสลดจิตคิดสงสารพระพุทธศาสนาต่างพากันเทวศทุกข์ร้องไห้ มีหน้านองไปด้วยน้ำตา แสนโศกเศร้าเป็นอันมาก บ้างมีศรัทธาเข้ารับโทษให้ตีหลังตนแทนพระสงฆ์นั้นก็มี และเสียงร้องไห้โศกครวญคร่ำไปทั่วทั้งเมือง เว้นแต่พวกมิจฉาชีพเท่านั้น ตั้งแต่นั้นมาพระราชาคณะ พวกอลัชชีมีสันดานบาปที่ว่าไหว้คฤหัสถ์ได้นั้น ก็เข้าเฝ้ากราบบังคมหมอบกราบเหมือนอย่างข้าราชการฆราวาส สมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรี ดำรัสสั่งพระสังฆราชใหม่ให้เอาตัวพระราชาคณะซึ่งเป็นโทษถอดเสียจาก ที่ทั้งสามพระองค์ (ดำรงอยู่) นั้น คุมตัวไว้ ณ วัดหงส์ อย่าปล่อยให้ไปวัดของตน ให้พระญาณไตรโลกวัดเลียบมาอยู่ครองวัดโพธาราม (วัดพระเชตุพน) แล้วดำรัสสั่งพระรัตนมุนีให้ขนานนามถวายใหม่ พระรัตนมุนีให้ขนานนามพระเจ้ากรุงธนบุรีให้ต้องพระอัธยาศัยว่า “ สมเด็จพระสยามยอดโยคาวจร บวรพุทธางกูล อดุลยขัติยราชวงศ์ ดำรงพิภพกรุงเทพมหานคร บวรทวาราวดี ศรีอยุธยา มหาดิลก ลพนพรัตน์ราชธานีบุรีรัมย์ อุดมราชนิเวศมหาสถาน” สมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีก็ทรงพระโสมนัสชอบด้วยพระทัยตามพระสติวิปลาสปรารถนาฟั่นเฟือนของพระองค์ ”