หลักฐานดังกล่าวแสดงให้เห็นว่าสมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีทรงทุ่มเทกำลังความสามารถ ของพระองค์ประกอบพระราชภารกิจอันยิ่งใหญ่ พระองค์ทรงเป็นพระมหากษัตริย์ที่ทรงพระคุณเลิศล้นแก่ชาวไทย แต่ตอนปลายรัชสมัย พระองค์ได้กลายเป็นพระมหากษัตริย์ที่สร้างความเดือดร้อนให้แก่พสกนิกร ของพระองค์เองโดยมิได้ทรงล่วงรู้พระองค์ จนเกิดเป็นวิกฤตการณ์ขึ้น

วิกฤติการณ์ครั้งนั้นเชื่อกันว่าเกิดขึ้นเพราะการเสียพระจริตของสมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรี สังฆราชเลอบอง (Le Bon) บาทหลวงฝรั่งเศส เข้ามาเผยแพร่คริสต์ศาสนาในรัชสมัยสมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีได้บันทึกไว้ว่า “ เวลานี้จะต้องถือว่าพระเจ้าตากสินล้ำมนุษย์ในโลกนี้เสียแล้ว” บาทหลวง คูเด้ (Coude) ซึ่งได้รับตำแหน่งสังฆราชต่อจากสังฆราชเลอบองได้เขียนรายงานที่เกี่ยวกับพระจริยาวัตร ของสมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีในตอนปลายรัชสมัยว่า “ทรงสวดมนต์บ้าง อดพระกระยาหารบ้าง จำศีลภาวนาบ้าง เพื่อเตรียมเหาะเหิรเดินอากาศต่อไป” โดยได้เขียนไปถึงอธิบดีของคณะสั่งสอนมิชชันนารีในต่างประเทศ (Directure du Seminaire des Mission) ในปี พ.ศ.2323 ความว่า “ จนกระทั่งถึงเดือนกรกฎาคม พ.ศ.2322 ทางเมืองไทยเรามีความสวยงามและเรียบร้อยอยู่พอใช้ได้ พระยามหากษัตริย์ นานๆ ก็กริ้วพวกเราเสียบ้างคราวหนึ่ง แต่ในไม่ช้าก็หายกริ้ว แต่ตั้งปีกว่ามาแล้วท่านไม่โปรดให้พวกเราเข้าเฝ้า พระองค์เองหมกมุ่นอยู่ด้วยการสวดมนต์ อดพระกระยาหาร และทรงเคร่งทำวิปัสสนา การทำวิปัสสนานี้เพราะทรงเชื่อว่า จะทำให้พระองค์สามารถเหาะเหินได้” บาทหลวงคูเดมีบันทึกต่อไปว่า “ได้ลองปรับทุกข์กับพระราชโอรสของพระเจ้าตากสินว่าพระเจ้าแผ่นดินได้ทรงถอนสิทธิต่างๆ ซึ่งเคยพระราชทานไว้แก่พวกบาทหลวง และกำลังจะทรงขับไล่ออกไปนอกประเทศไทย พวกบาทหลวงทูลพระราชโอรสพระเจ้าตากสินว่า แต่ก่อนนี้ได้พระราชทานเสรีภาพอย่างเต็มที่ในการนับถือศาสนาคริสต์มิใช่แต่กับพวกบาทหลวงเท่านั้น แต่รวมทั้งคนไทยซึ่งเข้ารีตเป็นคริสตังด้วย ทั้งยังได้ทรงอุดหนุนบริจาคพระราชทรัพย์ช่วยสร้างโบสถ์ให้แก่พวกคริสตัง” บาทหลวงคูเดบันทึกไว้อีกว่า พระราชโอรสทรงตอบว่า “ ท่านพูดถูกแล้ว สมเด็จพระชนกของข้าพเจ้าทรงเปลี่ยนแปลงไปมาก” (จุลจักรพงศ์, พระวรวงศ์เธอ พระองค์เจ้า, 2514 : 130-131)

บาทหลวง เดส์ครูเวรียส์ (Descrouvri?res) ได้เขียนไปฝรั่งเศส เมื่อวันที่ 21 ธันวาคม พ.ศ.2325 มีความว่า “ เป็นเวลาหลายปีมาแล้ว พระเจ้าแผ่นดินไทย ได้ทรงทำให้บังเกิดความเดือดร้อนแก่พลเมืองของพระองค์และชาวต่างประเทศ ซึ่งมาตั้งภูมิลำเนาในเมืองไทย หรือผ่านมาชั่วคราว เพื่อการค้าขาย ชาวจีนเคยมาทำการค้าขายในเมืองไทย เกือบจะต้องเลิกการค้าเสียเลย ปีกลายนี้พระเจ้าแผ่นดินซึ่งทรงดูเป็นบุคคลกึ่งวิกลจริต ทรงก่อความเดือดร้อนยากเข็ญบ่อยขึ้น และทรงแสดงความทารุณมากขึ้น”