พระยาสรรค์ก็ไม่กล้าจัดการประการใด พระยาสุริยอภัยมีไพร่พลมาจากเมืองนครราชสีมาเพียง 3,000 คน มีคนของกองพระยามอญทั้งสองอีกเพียงเล็กน้อย การที่จะหักเอาพระนคร เห็นยากนักก็ตั้งคุมเชิงรอสมเด็จเจ้าพระยามหากษัตริย์ศึกฯ อยู่ ฝ่ายสมเด็จเจ้าพระยามหากษัตริย์ศึกฯ ตั้งแต่ให้พระยาสุริยอภัยกลับเข้ามายังกรุงธนบุรี แล้วก็คอยฟังเหตุการณ์อยู่ที่เมืองเสียมราฐ พอได้ข่าวว่าเกิดกบฏขึ้นในกรุงธนบุรี ก็มีความห่วงใยถึงบ้านเมืองและประชาราษฎรยิ่งขึ้น จึงได้มอบหมายการศึกให้เจ้าพระยาสุรสีห์บังคับบัญชา พร้อมกันนั้นก็มีคำสั่งให้กองทัพเขมรล้อม กองทัพกรมขุนอินทรพิทักษ์ ไว้ก่อน (พงศาวดารญวน ฉบับนาย หยง แปล เล่ม 2 หน้า 382 และประชุมพงศาวดาร ภาคที่ 65 หน้า 95) แล้วบอกไปถึงพระยาธรรมา ซึ่งตั้งทัพอยู่ ณ เมืองกำแพงสวาย ให้จับกรมขุนรามภูเบศร์จำไว้ครบ แล้วให้เลิกทัพตามเข้ามายังพระนคร พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวได้ทรงวิจารณ์ถึงกรมขุนอินทรพิทักษ์ไว้ว่า “ ...สังเกตดูเจ้าคนนี้เป็นคนอ่อนแอ ต้องรับโทษทัณฑ์ก็มาก การทัพศึกก็ดูไม่เข้มแข็ง ในจดหมายบางแผนกที่ลงในหนังสือเทษาภิบาลเรียกเป็นสมเด็จพระเจ้าลูกยาเธอ เจ้าฟ้ากรมขุนอินทรพิทักษ์ เจ้ากรุงธนบุรี (คือสมเด็จพระเจ้าตากสินฯ) จะเห็นอย่างไรอยู่ จึงได้คิดจะเอาหลบออกไปเป็นเจ้ากรุงกัมพูชา ยกเจ้าฟ้าเหม็นขึ้นเป็นเจ้าฟ้าสุพันธุวงศ์ ดูเหมือนจะเห็นการภายในว่าจะไปไม่ตลอด และดูพระพุทธยอดฟ้าฯ (สมเด็จเจ้าพระยามหากษัตริย์ศึกฯ) ไม่ถือว่าเป็นสำคัญอันใดในเจ้าองค์นี้ เมื่อเวลาทัพออกไปเมืองเขมรด้วยกันพร้อมกับเจ้าบุญจันทร์ (กรมขุนรามภูเบศร์) ให้จับเจ้าบุญจันทร์สำเร็จโทษ แต่เจ้าจุ้ยกรมขุนอินทรพิทักษ์นี้ให้แต่เขมรล้อมไว้เท่านั้น ก็แหกหนีเข้าเมืองปราจีนบุรีได้ แต่ครั้นเมื่อไพร่พลทราบว่าเปลี่ยนแปลงแผ่นดินทิ้งเสีย ก็พากันหนีขึ้น ไป กับพระยานครราชสีมาเก่า ซึ่งถูกเปลี่ยนสำหรับให้กรมพระราชวังหลัง (พระยาสุริยอภัย) ขึ้นเป็นผู้สำเร็จราชการเมือง พากันไปอาศัยอยู่ที่เขาน้อยใกล้ปัถวีที่ไปอยู่นานไม่เร็วนักถึงกับปลูกต้นหมากรากไม้ไว้ ครั้นได้ตัวลงมากรุงเทพฯ ก็ทรงพระกรุณาโปรดจะไม่ประหารชีวิต แต่หากตัวไม่ยอมอยู่ ” ครั้น ณ วันเสาร์ เดือน 5 แรม 9 ค่ำ ปีขาล จัตวาศก จุลศักราช 1144 ตรงกับวันที่ 6 เมษายน พ.ศ.2325 กองทัพสมเด็จเจ้าพระยามหากษัตริย์ศึกฯ ก็มาถึงพระนคร ฝ่ายพวกชาวพระนครทราบว่า สมเด็จเจ้าพระยามหากษัตริย์ศึกฯ กลับมาถึง ต่างก็ชื่นชมยินดี มีพวกราษฎรพากันไปคอยรับเป็นอันมาก ต่างร้องขอให้ช่วยปราบยุคเข็ญ ให้บ้านเมืองเป็นสุขสำราญดังแต่ก่อนตลอดทางที่เข้ามา และแสดงความปิติชื่นชมหวังว่าสมเด็จเจ้าพระยามหากษัตริย์ศึกฯ ต้องนำความสันติสุขมาให้แก่ประเทศชาติ ต่อไปได้มั่นคง