ทำหน้าที่บังคับบัญชาสั่งสอนว่ากล่าวทั้งในฝ่ายคันถธุระและวิปัสสนาธุระแก่พระภิกษุสามเณรทั้งปวง เพื่อให้เป็นที่เลื่อมใสศรัทธาแก่มหาชน และเพื่อให้พระพุทธศาสนาได้กลับบริสุทธิ์ผุดผ่อง คืนกลับเข้าสู่สภาพเดิมต่อไป ปรากฏว่าในครั้งนั้น คณะสงฆ์ได้พร้อมในกันเลือก พระอาจารย์ดี วัดประดู่ จากกรุงศรีอยุธยาให้รับตำแหน่ง สมเด็จพระสังฆราช เป็นองค์แรกในสมัยกรุงธนบุรี โดยนัยนี้ การปกครองสงฆ์ในสมัยกรุงธนบุรี จึงได้พ้นจากสภาวะจลาจลระส่ำระสาย เริ่มเข้ารูปเป็นระเบียบเรียบร้อยตั้งแต่บัดนั้นเป็นต้นมา 2 . การบูรณะและปฏิสังขรณ์วัดที่สำคัญ ในคราวเดียวกันกับที่ได้โปรดให้จัดระเบียบสังฆมณฑลให้เป็นระเบียบเรียบร้อยขึ้น ในปี พ.ศ.2311 ในโอกาสสถาปนานครหลวงแห่งใหม่นั้นเอง สมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีก็ได้ทรงพระราชศรัทธาว่าจ้างบรรดาข้าราชการทั้งฝ่ายทหารและพลเรือน ให้ช่วยกันสร้างพระอุโบสถ พระวิหาร การเปรียญ และเสนาสนะกุฏีสงฆ์ รวมหลายพระอารามด้วยกัน เป็นจำนวนกว่า 200 หลัง สิ้นพระราชทรัพย์ไปเป็นอันมาก ในปีหลังๆ ต่อมา ก็ยังได้โปรดให้สถาปนาและบูรณะปฏิสังขรณ์วัดวาอารามต่างๆ อีกหลายต่อหลายครั้งด้วยกัน พระอารามที่ได้โปรดให้สถาปนาขึ้นในรัชกาลของพระองค์ ก็คือ วัดบางยี่เรือเหนือ ( วัดราชคฤห์ ) พระอารามที่ทรงบูรณะปฏิสังขรณ์นั้น ก็ได้แก่ วัดบางหว้าใหญ่ ( วัดระฆังโฆสิตาราม ) วัดแจ้ง ( วัดอรุณราชวราราม ) วัดบางยี่เรือใต้ ( วัดอินทาราม ) และวัดหงส์อาวาสวิหาร ( วัดหงส์รัตนาราม ) ฯลฯ วัดสำคัญที่สุดที่สมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีทรงเอาพระทัยใส่บูรณะปฏิสังขรณ์มากที่สุดในรัชสมัยก็ได้แก่ วัดอินทาราม ซึ่งสมัยนั้นเรียกกันว่า “ วัดบางยี่เรือนอก ” หรือ “ วัดบางยี่เรือใต้ ” เป็นวัดเก่าแก่สร้างมาตั้งแต่สมัยกรุงศรีอยุธยา อยู่ริมคลองบางกอกใหญ่ ใกล้ตลาดพลู ฝั่งธนบุรี วัดนี้ได้โปรดให้ยกฐานะขึ้นเป็นพระอารามหลวงชั้นเอกพิเศษทางฝ่ายสมถะวิปัสสนา เมื่อคราวที่สมเด็จกรมพระเทพามาตย์พระบรมราชชนนีเสด็จสวรรคต ก็โปรดให้ถวายพระเพลิงพระบรมศพที่วัดนี้ เมื่อปี พ.ศ.2318 ครั้นปีรุ่งขึ้น พ.ศ.2319 ก็โปรดให้จัดงานบำเพ็ญพระราชกุศลสักการะพระบรมอัฐิสมเด็จพระบรมราชชนนีที่วัดนี้อีกครั้งหนึ่ง