เมื่อพระราชาคณะที่ทูลวิสัชนาว่าไม่ได้ก็ทรงพระพิโรธลงโทษทัณฑ์แก่ภิกษุราชาคณะและอนุจร ประหนึ่งว่าพระองค์ต้องพระราชประสงค์ให้พระภิกษุนบไหว้พระองค์ และได้มีการหยิบยกประเด็น นี้มากล่าวหา พระองค์ท่านว่า ทรงมีสติฟั่นเฟือนวิปลาส ก็ไม่ปรากฏหลักฐานที่แน่ชัดพิสูจน์ยืนยันได้ว่า พระองค์ได้ทรงเป็นไป ตามข้อกล่าวหา การบันทึกข้อความในหลักฐานทางประวัติศาสตร์ ไม่ว่าจะเป็นจดหมายเหตุโหรประชุม พระราชพงศาวดาร และบันทึกคำให้การ ก็ปรากฏว่า มีความผิดพลาดคลาดเคลื่อนขัดแย้งกันในข้อเท็จจริง อยู่หลายครั้งหลายตอน ข้อความที่กล่าวว่า ภิกษุจะไหว้คฤหัสถ์ที่บรรลุธรรมได้หรือไม่นั้น พระราชปุจฉาของสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชอาจจะทรงใช้คำว่า “ อริยบุคคล 8 ” ก็เป็นได้ จึงเป็นเหตุให้พระภิกษุที่มิได้มีความรู้ลึกซึ้งในพระธรรมเพียงพอจึงทูลถวายคำวิสัชนาผิดพลาดไป หากพระภิกษุรูปนั้นมีสมณศักดิ์เป็นถึงพระราชาคณะ ก็เป็นการสมควรแล้วที่พระองค์ท่านจะต้องทรงปลดออก จากสมณศักดิ์ เพราะจะคงไว้ก็ไม่มีประโยชน์ต่อพระบรมราโชบายของพระองค์ท่านในการฟื้นฟูพระพุทธศาสนา ความไม่พอใจที่ถูกถอดออกจากสมณศักดิ์ การถูกจับสึก นอกจากจะเป็นสาเหตุที่ทำให้มีการปล่อยกระพือข่าวลือออกไป จนมีการบันทึกเป็นหลักฐานจดหมายเหตุทางประวัตศาสตร์ไว้ว่า “ ...พระยาตากสินได้ว่าราชการแผ่นดินครั้งนั้น กอปรไปด้วยโมหะ โลภะ มิได้ประพฤติการให้ชอบด้วยขนบบุราณ... ” ซึ่งดูจะเป็นไปไม่ได้สำหรับพระองค์ท่านที่ได้ทรงซาบซึ้งในรสพระธรรมเป็นอย่างยิ่งแล้ว ในช่วงเวลานั้นยังได้มีเอกสารรายงานที่เขียนโดยบาทหลวงชาวฝรั่งเศสผู้หนึ่งซึ่งมีอคติต่อหลักพระพุทธศาสนา มีความไม่พอใจโกรธแค้นที่สมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชไม่ทรงสนพระทัยในศาสนาอื่น จนเป็นเหตุให้การเผยแพร่ศาสนาคริสต์ในประเทศไทย (โดยวิธีการโน้มน้าวพระทัยของพระเจ้าแผ่นดินให้เห็นดีเห็นงามยอมรับไว้เป็นศาสนาประจำชาติ ดังเช่นที่ได้เคยถือเป็นแนวทางปฏิบัติมาแล้วในรัชกาลสมเด็จพระนารายณ์มหาราช) ซึ่งเป็นภารกิจหลักไม่บรรลุเป้าหมายดังที่คาดคิด ทั้งมีพฤติกรรมอันไม่เหมาะสมและได้ถูกสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชทรงขับไล่ออกจากกรุงธนบุรี ได้เขียนรายงานที่บิดเบือนข้อเท็จจริงไปในลักษณะที่ว่าสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชทรงมีพระสติฟั่นเฟือนวิปลาส จึงเท่ากับเป็นการเติมน้ำมันเข้าไปในกองไฟซ้ำเติมพระองค์ท่านในลักษณะเดียวกัน ให้เห็นเป็นจริงเป็นจังขึ้นมาด้วยอีกระลอกหนึ่ง หลักฐานทางประวัติศาสตร์ที่เรียกว่า จดหมายรายวันทัพ เมื่อเสด็จฯ ไปตีเมืองพุทไธมาศ ได้ยืนยันถึงน้ำพระทัยที่แน่วแน่เลื่อมใสศรัทธาในพระพุทธศาสนาของสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช ซึ่งได้แสดงออกเป็นพระราชดำรัสถึงเป้าหมายของพระมหากษัตริย์ หรือของรัฐว่า มิใช่เพื่อประโยชน์ส่วนตัวไว้ดังนี้