“ ในวันที่ 25 เดือนพฤษภาคม ปีนี้ (พ.ศ.2313) พระเจ้ากรุงสยามได้เสด็จมาเยี่ยมข้าพเจ้าด้วยพระองค์เอง ซึ่งเป็นการไม่เคยมีตัวอย่างมาเลย พวกขุนนางผู้ใหญ่ไม่กล้าจะมาสนทนากับสังฆราชที่บ้านบาทหลวง พระเจ้ากรุงสยามเสด็จมาครั้งนี้ ได้ทอดพระเนตรเห็นว่าที่ของเราคับแคบมาก จึงมีคำสั่งให้รื้อศาลาที่อยู่ ในที่ของเราลงหลังหนึ่ง และรับสั่งให้ขุดคูเอาดินขึ้นถมที่ และให้ก่อผนังโบสถ์ซึ่งเปิดอยู่ทุกด้าน แล้วได้รับสั่งสรรเสริญชมเชยพวกเข้ารีตเป็นอันมาก ” นอกจากนี้สังฆราช Le Bon ได้มีรายงานลงวันที่ 1 พฤษภาคม ค.ศ.1772 ว่า “ เมื่อวันที่ 2 เมษายน ได้มีพระราชโองการให้เราไปเฝ้าอีก และในครั้งนี้ได้มีรับสั่งให้พระสงฆ์ที่สำคัญๆ กับพระจีนไปเฝ้าด้วย วันนั้นเป็นวันรื่นเริงทั่วราชอาณาเขตเพราะเป็นวันขึ้นปีใหม่ของไทย พระเจ้าแผ่นดินกำลังสำราญพระทัย จึงได้ลงประทับกับเสื่อธรรมดาอย่างพวกเราเหมือนกัน บรรดาคนทั้งหลายเรียกพระเจ้าตากว่าพระเจ้าแผ่นดิน แต่พระเจ้าตากเองเรียกพระองค์ว่าเป็นแต่เพียงผู้รักษากรุงเท่านั้น พระองค์ทรงทนทานต่อความเหน็ดเหนื่อย ทั้งทรงกล้าหาญ และพระปัญญาก็เฉียบแหลม มีพระนิสัยกล้าได้กล้าเสีย และพระทัยเร็ว ถ้าจะว่าก็เป็นทหารอันกล้าหาญคนหนึ่ง ” จากรายงานของสังฆราช Le Bon ฉบับลงวันที่ 26 มีนาคม ค.ศ.1775 เราจึงได้ทราบว่าในแผ่นดินกรุงธนบุรีได้มีการออกกฎหมายฉบับหนึ่งเกี่ยวกับการห้ามคนไทย และมอญเข้ารีตและนับถือศาสนาอิสลาม รายงานนั้นกล่าวว่า “ เมื่อ 2-3 วันที่ล่วงมาแล้ว พระเจ้าแผ่นดินได้รับสั่งให้พระสงฆ์ไทย บาทหลวงมิชชันนารีฝรั่ง กับพวกมะหะหมัด มาโต้เถียงกันเรื่องศาสนา ครั้นทรงฟัง ความเห็นของพวกเข้ารีตและพวกมะหะหมัดว่าการฆ่าสัตว์ไม่บาปก็ไม่พอพระทัย พอรุ่งขึ้นก็ได้ออกประกาศพระราชโองการนี้ทีเดียว คือ ออกประกาศห้ามคนไทยและมอญมิให้เข้ารีต และนับถือศาสนามะหะหมัด มีวางโทษถึงประหารชีวิต ทั้งคนชักชวนและคนไทยคนมอญที่ไปเข้ารีต และนับถือศาสนามะหะหมัด ” อย่างไรก็ตามความสัมพันธ์ระหว่างสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชกับคริสตศาสนาก็ได้จืดจางลง เมื่อเกิดเรื่องเกี่ยวกับการถือน้ำพระพิพัฒน์สัตยา ซึ่งถือเป็นเรื่องสำคัญ หากผู้ใดขาดถือน้ำพระพิพัฒน์สัตยา มีโทษถึงตาย ตามกฎมณเฑียรบาล บทที่ 81 ปรากฏว่าสังฆราชมีคำสั่งห้ามพวกเข้ารีตร่วมพิธี แต่ให้สาบานตัวว่าจะซื่อสัตย์จงรักภักดีต่อพระเจ้าแผ่นดินในโบสถ์คริสตัง และสังฆราชก็กำกับอยู่ด้วย สมเด็จพระเจ้าตากสินจึงทรงให้จับข้าราชการเข้ารีตและสังฆราชกับบาทหลวงอีก 2 คน เข้าคุก มีการเฆี่ยนและจำ 5 ประการ แต่ต่อมาก็ถูกปล่อยตัวให้พ้นโทษ