เจ้า ฟ้าทะละหะมู จึงอพยพครอบครัวลงไปอยู่เมืองพนมเปญ แล้วไปอ่อนน้อมขอกองทัพญวนที่เมืองไซ่ง่อนมาช่วย เจ้าญวนก็ให้กองทัพขึ้นไปตั้งที่พนมเปญ เจ้าพระยาสุรสีห์ยกกองทัพติดตามเจ้าฟ้าทะละหะมูลงไป ทราบว่ามีกองทัพญวนมาตั้งอยู่ที่เมืองพนมเปญ ก็ให้รีบบอกมายังสมเด็จเจ้าพระยามหากษัตริย์ศึกฯ แล้วตั้งค่ายคอยฟังคำสั่งแม่ทัพใหญ่อยู่ ยังหาได้รบกับญวนไม่ (เสทื้อน ศุภโสภณ , 2513 : 161-163 ) แต่การยกกองทัพไปเมืองเขมรครั้งนั้นยังไม่สำเร็จความประสงค์ เกิดการจลาจลขึ้นในกรุงธนบุรีเสียก่อน สมเด็จเจ้าพระยามหากษัตริย์ศึกจึงต้องยกทัพกลับ ขณะนั้นพอดีที่ไซ่ง่อน พวกกบฏยกกลับมาตีเมืองจากองเชียงสือได้อีกครั้งหนึ่ง องเชียงสือเกณฑ์กองทัพเขมรไปช่วยรบ ฟ้าทะละหะ(มู) จัดกองทัพไปช่วย แต่สู้พวกกบฏไม่ได้ องเชียงสือจึงต้องหนีไปอยู่ตามป่าและเกาะแถบเมืองเขมร จนในที่สุดต้องเข้ามาขอพึ่งพระบรมโพธิสมภารที่กรุงเทพฯ ในปลายพ.ศ. 2325 พวกไตเซินครั้นได้ญวนภาคใต้แล้ว ก็บุกขึ้นไปทางเหนือต่อไปจนได้ครอบครองญวนหมดทั้งประเทศเมื่อ พ.ศ. 2328 กษัตริย์องค์สุดท้ายของราชวงศ์เว้ (หรือเล้) หนีไปอยู่เมืองจีนและสิ้นพระชนม์ที่นั่น การที่อาณาจักรญวนเกิดจลาจลและผู้ครอบครองเมืองก็พากันแตกฉานซ่านเซ็นนี้ เปิดโอกาสให้ไทยเข้าไปจัดการเรื่องเมืองเขมรได้อย่างเต็มที่ โดยไม่ต้องเป็นกังวลว่าญวนจะเข้ามาแทรกแซง จะเห็นได้จากการที่พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกฯได้โปรดให้นำนักองค์เองเข้ามาชุบเลี้ยงไว้ในกรุงเทพฯ แล้วทรงตั้งเจ้าพระยาอภัยภูเบศร์ (แบน) ออกไปครองเมืองเขมร (มรว.แสงโสม เกษมศรี และวิมล พงศ์พิพัฒน์ , 2523 : 83-84) สมเด็จพระเจ้าตากสินฯ ทรงฟื้นฟูอำนาจของไทยในเขมร เขมรเป็นประเทศเพื่อนบ้านที่มีปัญหาเกี่ยวกับเสถียรภาพทางการเมืองภายในไม่มั่นคง อันมีสาเหตุเนื่องมาจากความขัดแย้งภายในกลุ่มผู้ปกครองอยู่เสมอ และทุกครั้งที่เกิดความขัดแย้ง เขมรจะขอความสนับสนุนจากไทยและญวน เมื่อใดที่ไทยมีอำนาจมั่นคง เขมรก็จะยอมเป็นรัฐบรรณาการ (ประเทศราช) ของไทย ในตอนปลายสมัยกรุงศรีอยุธยาเขมรยังเป็นรัฐบรรณาการของไทยอยู่ แต่เมื่อกรุงศรีอยุธยาเสียแก่พม่าครั้งที่ 2 แล้ว เขมรก็เป็นอิสระ ในปีพ.ศ. 2312 สมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีได้ทรงมีพระราชสาส์นไปถึงสมเด็จพระนารายณ์ราชาธิบดี กษัตริย์เขมร เตือนให้ส่งต้นไม้เงินต้นไม้ทองเหมือนเมื่อครั้งกรุงศรีอยุธยาเป็นราชธานี แต่กษัตริย์เขมรไม่ทรงยอมรับอำนาจของสมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรี ดังปรากฏพระราชดำริของพระองค์ในราชพงศาวดารกัมพูชาว่า