พระตะบอง นายทหารเอกสองพี่น้อง (พระยาอภัยรณฤทธิ์ (ร. 1) และพระยาอนุชิตราช (เจ้าพระยาสุรสีห์ในเวลาต่อมา) กับพระยาโกษาธิบดีตีและยึดครองไว้ได้แล้ว ก็ทรงพระราชดำริจะไปตีเมืองนครศรีธรรมราชก่อน แล้วจึงไปตีกรุงกัมพูชาต่อไป จึงมีพระราชดำรัสให้จัดทัพเรือพร้อมด้วยพลรบหมื่นหนึ่ง ศัตราวุธพร้อมทั้งปืนใหญ่น้อยทั้งปวง

ครั้นถึงมหาพิชัยฤกษ์ สมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีจึงเสด็จลงเรือพระที่นั่งสุวรรณพิชัยนาวายาว 11 วา ปากกว้าง 3 วาเศษ พลกรรเชียง 29 คน พร้อมด้วยเรือรบท้าวพระยาข้าทูลละอองธุลีพระบาท นายทัพนายกองทั้งปวง โดยเสด็จพระราชดำเนินเป็นขบวนพยุหยาตราหน้าหลัง เสด็จกรีธานาวาทัพหลวงออกจากกรุงธนบุรี ทางชลมารค ออกปากน้ำเมืองสมุทรสงครามออกสู่ทะเล ครั้นถึงวันอาทิตย์ เดือน 9 แรม 3 ค่ำ พ.ศ. 2312 เพลาสามโมงเช้า ถึงตำบลบางทะลุ (ปัจจุบันคือหาดเจ้าสำราญ จังหวัดเพชรบุรี) ได้บังเกิดพายุคลื่นลมจัด เรือรบข้าราชการในกองทัพเรือหลวงและกองหน้ากองหลังบางลำล่ม บางลำแตก บางลำก็ต้องจอดแอบกำบังอยู่ในอ่าว สมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีจึงมีพระราชดำรัสให้เข้าพักจอดกระบวนเรือ สั่งให้ปลูกศาลเพียงตาขึ้นบนฝั่ง ให้แต่งเครื่องสังเวยบวงสรวงเทพารักษ์อันพิทักษ์ท้องมหาสมุทร จุดธูปเทียนกระทำการสักการะบูชา แล้วทรงตั้งสัตยาธิษฐาน เอาคุณพระศรีรัตนตรัยเป็นที่ตั้ง กับพระบารมีซึ่งทรงบำเพ็ญมาแต่บุรพชาติและในปัจจุบัน ให้คลื่นสงบลงในบัดนี้ ด้วยเดชะอำนาจพระกฤษฎาภินิหาร บารมีเป็นมหัศจรรย์ คลื่นลมนั้นก็สงบราบคาบเห็นประจักษ์ในขณะที่ทรงตั้งสัตยาธิษฐาน ครั้นแล้วขบวนพยุหยาตราก็เดินทางต่อไปได้ในทะเลหลวง หามีเหตุการณ์อันตรายอย่างหนึ่งอย่างใดไม่ ครั้นเสด็จถึงเมืองไชยาจึงให้จอดประทับ ณ ท่าพุมเรียง เสด็จพระราชดำเนินขึ้นไปประทับแรมบนพลับพลา ซึ่งกองทัพหน้าตกแต่งไว้รับเสด็จ เพื่อจะให้เป็นศรีสวัสดิ์มงคลแก่เมืองไชยานั้น แล้วมีพระราชดำรัสให้รวบรวมพลจัดเป็นกองทัพ มอบให้พระยายมราชเป็นกองหน้า ให้เจ้าพระยาจักรี (แขก) กับพระยาพิชัยราชาเข้าบรรจบกันเป็นทัพหนุน เร่งรีบยกไปทางบก ส่วนสมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีคุมกองทัพเรือไปทางหนึ่ง กำหนดให้เข้าตีเมืองนครศรีธรรมราชพร้อมกันทั้งสองทาง แล้วกองทัพบกก็กราบถวายบังคมลา ยกออกไปตามพระราชกำหนด ส่วนสมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีเสด็จลงเรือพระที่นั่งคุมกองทัพเรือให้ยาตรานาวาทัพไปทางทะเลโดยรีบเร่ง (สมเด็จพระปิยมหาราชทรงวิจารณ์ตอนนี้ว่า การตีเมืองนครศรีธรรมราชนี้ เพราะกองทัพส่งออกไปตีไม่ได้ ถอยเข้ามาอยู่ไชยา เสด็จด้วยเรือพายนั้นอยู่ข้างจะแข็งมาก)

ฝ่ายกองทัพบกซึ่งพระยายมราชเป็นกองหน้าได้ยกข้ามท่าข้ามไปถึงลำพูน เข้าตีค่ายกองทัพเมืองนครศรีธรรมราชซึ่งตั้งรับอยู่ ณ ท่าหมากแตกพ่ายหนีไป จึงยกติดตามไปตั้งอยู่ ณ เขาหัวช้าง

ครั้งนั้นเจ้านครฯ สำคัญว่ากองทัพกรุงธนบุรียกลงไปแต่ทางบกทางเดียวเหมือนคราวก่อน หาได้เตรียมต่อสู้กองทัพเรือไม่ กองทัพของสมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีจู่ไปถึงปากพญาอันเป็นปากน้ำ