ขั้นที่ 3 ยกไปปราบ ชุมนุมเจ้านครศรีธรรมราช ในปีพ.ศ.2312 พระเจ้ากรุงธนบุรีได้ยกทัพ ทั้งทางบกและทางเรือไปปราบชุมนุมเจ้านครศรีธรรมราช เจ้านครฯเห็นว่าไม่สามารถต้านทานกองทัพหลวงได้จึงพาครอบครัวและสมัครพรรคพวกหนีไปอยู่เมืองตานี แต่ถูกพระยาตานีจับตัวแล้วส่งตัวมาให้เจ้านครศรีธรรมราชคนใหม่ คือ เจ้านราสุริยวงศ์ ต่อมาสมเด็จพระเจ้าตากสินทรงมีพระราชประสงค์ให้คุมตัวเจ้านครฯส่งเข้าไปกรุงธนบุรีเพื่อปรึกษาโทษ ครั้นเมื่อเจ้านครฯมาถึงกรุงธนบุรีได้ทรงอภัยโทษ แล้วให้รับพระราชทานน้ำพระพิพัฒน์สัตยาอยู่เป็นข้าราชการ พร้อมทั้งพระราชทานที่ให้อาศัย เจ้านครศรีธรรมราช (หนู) ได้ถวายบุตรสาว ชื่อ ฉิม เป็นบาทบริจาริกา ครั้นถึงปลาย พ.ศ.2319 เจ้านราสุริยวงศ์ผู้ครองเมืองนครศรีธรรมราชถึงแก่พิราลัย จึงทรงพระกรุณาโปรดฯให้เจ้านคร(หนู) กลับไปครองเมืองนครศรีธรรมราช แต่สถาปนาให้มียศอย่างเจ้า ประเทศราช เป็นพระเจ้านครศรีธรรมราช หมายเหตุ : จนกระทั่ง พ.ศ.2328 ในสมัยรัชกาลที่ 1 เจ้านครฯ ถูกเจ้าพัฒน์บุตรเขยฟ้องกล่าวโทษในหลายข้อหา พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกฯ จึงทรงให้เข้ามาชำระความ พระเจ้านครศรีธรรมราชแพ้ความ ขออยู่รับราชการในกรุงเทพมหานคร อยู่ได้ประมาณเกือบปีก็ถึงแก่กรรม ส่วนเจ้าพัฒน์ได้รับพระราชทานโปรดเกล้าฯ ให้เป็นเจ้าพระยานครศรีธรรมราชแทน (สาระน่ารู้กรุงธนบุรี , 2543 : 138-139) ( ดูรายละเอียดเกี่ยวกับนครศรีธรรมราชใน 10.3.1) ขั้นที่ 4 การยกไปปราบ ชุมนุมเจ้าพระฝาง เมื่อกรุงศรีอยุธยาเสียแก่พม่าแล้ว มหาเรืองได้ทำการซ่องสุมผู้คนได้หลายเมือง ตั้งตัวขึ้นเป็นเจ้าทั้งๆ ที่ไม่ได้สึก แต่เปลี่ยนมานุ่งห่มผ้าแดงแทน คนทั่วไปเรียกว่า เจ้าพระฝาง นับเป็นชุมนุมใหญ่อยู่ทางเหนือ ครั้นพ.ศ.2311 เจ้าพระฝางรู้ข่าวว่าเจ้าพระยาพิษณุโลกถึงพิราลัยและพระอินทรอากรผู้น้องได้ครองเมือง จึงยกทัพมาตีเมืองพิษณุโลก และได้รับการช่วยเหลือจากชาวเมืองที่ไม่สนับสนุนพระอินทรอากร จึงทำการได้สำเร็จ จากนั้นจึงสั่งให้ประหารชีวิตพระอินทรอากร ริบทรัพย์สมบัติ อาวุธต่างๆ และอพยพผู้คนไปยังเมืองฝาง ใน พ.ศ.2313 เจ้าพระฝางได้ประพฤติพาลทุจริตทุศีลมากขึ้น มีการเสพสุราและประกอบกรรมปาราชิก ทั้งที่ยังอยู่ในผ้ากาสาวพัสตร์ พวกสงฆ์อลัชชีที่เป็นนายทัพนายกองก็ออกเที่ยวปล้นเอาข้าวปลาอาหารจากราษฎร เมื่อพระเจ้ากรุงธนบุรีได้ทรงทราบ จึงมีพระบรมราชโองการให้เกณฑ์กองทัพไปปราบ เจ้าพระฝางสู้รบอยู่ได้สามวันก็พาสมัครพรรคพวกหนีออกจากเมืองพร้อมด้วยลูกช้างพังเผือกที่เกิดใหม่ กองทัพธนบุรีจับได้แต่ช้างพังเผือก ส่วนเจ้าพระฝางหายสาบสูญไป(สาระน่ารู้กรุงธนบุรี , 2543 : 139-140)