ในรัชกาลที่ 2 นั้น โดยเหตุที่ปรากฏว่ามีช้างเผือกเอกมาสู่พระบรมโพธิสมภารถึง 3 เชือก ดังนั้นจึงโปรดให้เพิ่มรูปช้างเผือกเข้าไปในวงจักรในรัชกาลนี้

ครั้นต่อมาพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 4 ทรงมีพระราชดำริว่า ตราจักรเป็นเครื่องหมายเฉพาะของพระเจ้าแผ่นดิน จึงโปรดให้เอารูปจักรออกเสีย


ธงสีแดงจักรสีขาวมีช้างเผือกตรงกลาง

และเพื่อให้ธงเรือหลวงแตกต่างจากธงชาติที่ราษฎรใช้ จึงโปรดให้เรือหลวงใช้ธงสีน้ำเงินมีรูปช้างสีขาวอยู่กลาง ต่อมาในปี พ.ศ.2434 ได้มีการปรับปรุงใหม่โดยใช้พื้นธงสีแดง กลางธงมีรูปช้างเผือกทรงเครื่องยืนแท่น ที่มุมธงด้านบนมีรูปจักรติดอยู่

ธงสีแดง กลางธงมีรูปช้างเผือกทรงเครื่องยืนแท่นที่มุมธงด้านบนมีรูปจักร