เมื่อปีพุทธศักราช ๑๘๙๓ สมเด็จพระรามาธิบดีที่ ๑ ( อู่ทอง ) ทรงสถาปนากรุงศรีอยุธยาขึ้นเป็นราชธานีของไทย ปรากฏความในพระราชพงศาวดารกรุงศรีอยุธยาว่า ทรงมีพระราชอำนาจแผ่ไปกว้างขวาง มีเมืองป้อมปราการชั้นในสำหรับป้องกันราชธานีทั้ง ๔ ทิศคือ ทิศเหนือ เมืองลพบุรี ทิศตะวันออก เมืองนครนายก ทิศใต้ เมืองพระประแดง ทิศตะวันตก เมืองสุพรรณบุรี

ประยูร อุลุชาฏะ ได้ดำเนินการสำรวจวัดต่างๆ ในกรุงรัตนโกสินทร์ฝั่งตะวันตกของแม่น้ำเจ้าพระยา หรือฝั่งธนบุรี เมื่อพุทธศักราช ๒๕๑๓ กล่าวไว้ในหนังสือ “ ศิลปในบางกอก ” ว่า

“ หลักฐานจากโบราณวัตถุปรากฏว่า เมืองบางกอกมิใช่พึ่งจะสำคัญขึ้นมาในสมัยกรุงศรีอยุธยา แม้สมัยก่อนกรุงศรีอยุธยา ซึ่งเรียกว่า ยุคอโยธยาสุพรรณภูมินั้น บางกอกก็เคยมีความสำคัญมาแล้ว ข้าพเจ้าได้ตรวจวัดเก่าแก่แถบอำเภอราษฎร์บูรณะ พบว่ามีพระพุทธรูปสมัยอู่ทองขนาดมหึมาอยู่ตามวัดในบริเวณนั้น ส่วนใหญ่อยู่ติดริมแม่น้ำเจ้าพระยา เช่น วัดประเสริฐสุทธาวาส วัดแจงร้อน วัดบางปะกอก

ส่วนบริเวณเมืองบางกอกแท้ๆ ที่ธนบุรีนั้น เท่าที่ได้พบศิลปเก่าแก่รุ่นสมัยอยุธยาตอนต้น มีดังต่อไปนี้คือ วัดแก้ว วัดตะพาน วัดจันตาฝ้าขาว วัดเพรงในคลองบางพรม วัดบางแวก ซึ่งอยู่ในบริเวณบางระมาด บางเชือกหนัง และแม่น้ำอ้อม ล้วนเป็นวัดมีมาก่อนขุดคลองลัดในสมัยพระชัยราชาที่หน้าโรงพยาบาลศิริราชทั้งสิ้น”

หลังจากราชอาณาจักรไทยได้สถาปนากรุงศรีอยุธยาขึ้นเป็นราชธานี มีความเจริญมั่นคงทั้งในด้านการปกครอง การทหาร และการเศรษฐกิจ กล่าวคือนอกจากจะได้มีการตราพระราชกำหนดกฎหมายขึ้นเป็นหลักในการปกครอง และวางระเบียบการบริหารประเทศทั้งในกรุงและหัวเมืองขึ้นโดยเรียบร้อยแล้ว ยังมีอำนาจเหนือประเทศราชน้อยใหญ่ในแถบเอเชียอาคเนย์ ทั้งลาว เวียดนาม กัมพูชา และมลายู ทั้งยังเป็นเมืองท่าสำคัญในการเดินเรือติดต่อค้าขายระหว่างยุโรป ตะวันออกกลาง และเอเชียในขณะนั้นด้วย และด้วยเหตุประการหลังนี้ พื้นที่แถบบริเวณ “บางกอก” (ที่ตั้งของกรุงรัตนโกสินทร์ในปัจจุบัน) จึงเริ่มเป็นที่สนพระทัยของพระมหากษัตริย์หลายรัชกาล ด้วยร่องแม่น้ำอันคดเคี้ยวระหว่างกรุงศรีอยุธยากับทะเลนั้น หากได้ขุดคลองลัดขึ้นก็จะอำนวยความสะดวกในการขนส่งทางเรือ และลำน้ำเจ้าพระยาเดิมซึ่งไหลจากสามเสนเข้าคลองบางกอกน้อย ตลิ่งชัน บางระมาด เลี้ยวออกคลองบางกอกใหญ่ ซึ่งเป็นทางอ้อมโค้ง หากไปด้วยเรือแจวจะกินเวลาตั้งแต่เช้าจรดเย็น เมื่อมีคลองลัดขุดพาสายน้ำไปทางอื่น แม่น้ำ ก็แคบลงและตื้นเขินขึ้นจนกลายเป็นคลองไป คือที่เรียกว่า คลองบางกอกน้อย คลองตลิ่งชัน คลองบางระมาด และคลองบางกอกใหญ่ในปัจจุบัน สำหรับตำบลบางกอก ซึ่งเคยอยู่ฝั่งตะวันออกของลำน้ำเจ้าพระยาเดิม ก็กลายเป็นพื้นที่ซึ่งมีแม่น้ำไหลผ่านกลาง แต่ทั้งฝั่งตะวันตกและฝั่งตะวันออกก็ยังคงใช้ชื่อรวมกันว่า “ บางกอก” เช่นเดิม

ครั้นขุดคลองลัดแล้ว บางกอกจึงเริ่มมีความสำคัญทางยุทธศาสตร์ขึ้น และต่อมาตั้งเป็นเมืองด่านเรียกว่า เมืองธนบุรีศรีมหาสมุทร ปรากฏชื่อเป็นครั้งแรกในพระราชพงศาวดารรัชกาลต่อมา คือรัชกาลสมเด็จพระมหาจักรพรรดิ (พุทธศักราช ๒๐๙๑ - ๒๑๑๑ ) ในกฎหมายลักษณะอาชญาหลวง เขียนว่า ทณบุรี ต่อมาในพระราชกำหนดเก่าสมัยสมเด็จพระเจ้าปราสาททองเขียนว่า ทณบุรีย (ธีระชัย และคณะ, 2532 : 3 คัดลอกจากกฎหมายตราสามดวงเล่ม 2506 หน้า 11)

เมืองธนบุรี หรือที่ชาวต่างประเทศที่เข้ามาติดต่อในสมัยกรุงศรีอยุธยานิยมเรียกในชื่อเดิมว่า “บางกอก” จากบันทึกของลาลูแบร์ ราชทูตจากราชสำนักฝรั่งเศสบันทึกว่า “ เมืองบางกอก ฝ่ายสยามเรียก เมืองธน แต่ชาวต่างประเทศไม่มีใครรู้จักเหมือนชื่อ บางกอก ( ธีระชัย และคณะ, 2532 : 4) ชื่อบางกอก มีปรากฏในแผนที่ บันทึกจดหมายเหตุ ตลอดจนจดหมายโต้ตอบระหว่างกันในฐานะที่เป็นเมืองหน้าด่านสำคัญอยู่ระหว่างปากน้ำเจ้าพระยากับกรุงศรีอยุธยา ซึ่งเรือสินค้าจะต้องผ่านเมื่อขึ้นไปกรุงศรีอยุธยา และผ่านอีกในตอนขากลับ

ในแผนที่ทะเลและแผนที่ครั้งโบราณที่ชาวต่างประเทศได้ทำไว้ แต่สมัยกรุงศรีอยุธยาปรากฏตำแหน่งที่ตั้งของเมืองธนบุรีในชื่อของบางกอก โดยสะกดว่า Bangkok, Bancoc, Bancok, Banckok, Bankoc, Banckock, Bangok, Bancocq, Bancock ก็มี และในบางแผ่นเขียนคำว่า Siam อันหมายถึงประเทศสยามไว้ตรงที่ตั้งของบางกอก ในขณะที่มีคำว่า Judia, Odia, Juthia, Ajothia, Odiaa อยู่เหนือขึ้นไปในตำแหน่งที่ตั้งของกรุงศรีอยุธยา ฉะนั้นบางกอกจึงเป็นสัญลักษณ์ของราชอาณาจักรไทยด้วย (แผนที่ประเทศไทยครั้งโบราณนี้ พิพิธภัณฑ์แผนที่ของกรมแผนที่ทหาร ได้รวบรวมและทำสำเนามาเก็บรักษาไว้ได้เป็นจำนวนมาก)

ส่วนคำว่า Bangkok ที่ใช้สะกดเป็นชื่อเมืองบางกอก หรือกรุงรัตนโกสินทร์ในปัจจุบัน ขจร สุขพานิช ได้ให้ความเห็นไว้ในบทความเรื่อง “บางเกาะ - เกาะรัตนโกสินทร์” ว่า ปกติเป็นคำที่ฝ่ายสังฆราชผู้เป็นใหญ่ในคริสต์ศาสนาที่กรุงศรีอยุธยาใช้เมื่อเขียนถึงบางกอก ทุกครั้งที่ท่านเขียนรายงานไปยังสำนักงานใหญ่ที่กรุงปารีส และได้ใช้เรื่อยมาจนถึงสมัยกรุงรัตนโกสินทร์ เมื่อพระบาทสมเด็จพระปรเมนทรมหามงกุฎพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงพระอักษรไปถึงพวกฝรั่ง ก็ทรงสะกดคำนี้ว่า Bangkok ตามที่พวกสังฆราชฝรั่งเศสใช้ จึงได้ใช้เป็นมาตรฐานต่อมาจนปัจจุบัน

ในเอกสารชุด The Records of Relation Between Siam and Foreign Countries in 17 th Century Vol.1 (บันทึกเรื่องสัมพันธไมตรีระหว่างประเทศไทยกับนานาประเทศในศตวรรษที่ ๑๗) ซึ่งเป็นบันทึกของชาวต่างประเทศที่เข้ามาติดต่อกับกรุงศรีอยุธยาที่เก่าสุดเท่าที่สอบค้นได้ในปัจจุบัน พ่อค้าชาวฮอลันดาได้เขียนบันทึกบรรยายเกี่ยวกับอาณาจักรสยามไว้เมื่อปีพุทธศักราช ๒๑๖๐ - ๒๑๖๑ ตรงกับรัชสมัยสมเด็จพระเจ้าทรงธรรม ความตอนที่กล่าวถึงบางกอกนั้นมีว่า

“กรุงศรีอยุธยาตั้งอยู่ประมาณ ๑๕ องศา ทางเหนือ ต้องเข้าแม่น้ำไปภายในแผ่นดินประมาณ ๒๐ ไมล์ฮอลันดา แม่น้ำนี้จัดอยู่ในประเภทแม่น้ำที่ดีที่สุดในย่านอินดีส ซึ่งสามารถให้เรือระวางหนักตั้งแต่ ๑๕๐ ถึง ๒๐๐ ลาสท์ กินน้ำลึกตั้งแต่ ๑๒ ถึง ๑๓ ฟุตขึ้นไปเข้าจอดได้โดยสะดวก จากปากน้ำเข้าไป ๕ ไมล์เป็นที่ตั้งของเมืองล้อมรอบด้วยกำแพงมีชื่อว่า บางกอก ณ ที่นี่เป็นที่ตั้งของด่านภาษีแห่งแรก เรียกว่า ขนอนบางกอก (Canen Bangkok) ซึ่งเรือและสำเภาทุกลำไม่ว่าจะมาจากชาติใดก็ตาม จะต้องหยุดจอดทอดสมอ และแจ้งให้ด่านนี้ทราบก่อนว่าจะเข้ามาเพื่อจุดประสงค์อันใด บรรทุกสินค้ามาจากไหน มีผู้ใดมากับเรือบ้าง และมีสินค้าอะไรบ้างที่บรรทุกมา ก่อนที่เรือเหล่านั้นจะล่วงล้ำหรือเดินทางเข้าไปกว่านั้น จากบางกอกขึ้นมาประมาณ ๑ ไมล์ มีด่านศุลกากรอีกแห่งหนึ่งเรียกว่า บ้านตะนาว ซึ่งเรือทุกลำที่จะขึ้นไปยังกรุงศรีอยุธยาจะต้องหยุดตรวจอีกครั้งหนึ่ง เพราะอยู่ในรัศมีไม่ไกลจากกรุงศรีอยุธยา กรุงศรีอยุธยาเป็นเมืองที่ล้อมรอบด้วยกำแพงหิน และมีแม่น้ำโอบไปโดยรอบ มีประชาชนอยู่อาศัยกันอย่างหนาแน่น กรุงศรีอยุธยาเป็นเมืองที่เจริญรุ่งเรืองสวยงาม เป็นที่เชิดหน้าชูตาของกรุงสยามตามแบบฉบับของเมืองในแถบตะวันออก

ในทำนองเดียวกัน เมื่อเรือจะกลับออกไปและเมื่อผ่านด่านภาษีที่บ้านตะนาวอีก ก็จะต้องหยุดทอดสมอเพื่อแจ้งให้ทราบว่าจะออกเดินทางไปไหน มีสินค้า สัมภาระและบรรทุกใครออกไปบ้าง ในเรื่องเกี่ยวกับระเบียบปฏิบัตินั้นผู้ที่จะออกไปจะต้องได้รับหนังสือพระราชทานสำคัญเสียก่อน เรียกว่า ตรา หรืออีกนัยหนึ่งก็คือ เอกสารใช้แทนหนังสือเดินทาง (ใบผ่าน) ซึ่งจะต้องนำไปแสดงที่ด่านภาษีที่บางกอก ซึ่ง ณ ที่นี้เรือจะต้องหยุดอีกครั้งหนึ่ง เพื่อจ่ายอากรแผ่นดินสำหรับเรือและสินค้า หากไม่ปฏิบัติตามนี้แล้ว ไม่ว่าจะเป็นนายเรือหรือเจ้านายอื่น ๆ ก็ตาม จะถูกยึดเรือทันที ”

เชอวาลิเอร์ เดอโชมองต์ (Chevalier de Chaumont) ราชทูตของสมเด็จพระเจ้าหลุยส์ที่ ๑๔ แห่งฝรั่งเศส ซึ่งเข้ามาเจริญทางพระราชไมตรีในพุทธศักราช ๒๒๒๘ แผ่นดินสมเด็จพระนารายณ์มหาราช บันทึกจดหมายเหตุไว้ว่า “ เมืองบางกอก เป็นหัวเมืองหนึ่งของพระเจ้าแผ่นดินสยาม ตั้งอยู่ริมแม่น้ำห่างจากทะเล ๒๔ ไมล์ … เดินทางจากอยุธยามาบางกอกทางเรือ ใช้เวลาประมาณ ๑๒ ชั่วโมง (ออกจากอยุธยาเวลา ๕ โมงเย็น) ถึงบางกอกรุ่งขึ้นเวลาเช้า … เวลาเช้าเดินทางออกจากบางกอก ถึงปากอ่าวเวลา ๔ โมงเย็น

แม่น้ำเจ้าพระยาในฤดูน้ำหลากนั้นไหลเชี่ยวจัด ดังปรากฏในจดหมายเหตุของเซเบเรต์ (Ceberet) ซึ่งเดินทางเข้ามาในรัชสมัยของสมเด็จพระนารายณ์มหาราช ระหว่างพุทธศักราช ๒๒๓๐ - ๒๒๓๑ ว่า “ ได้ไปปรึกษากับมองซิเออร์เดอโวดรีคร์ ถึงเรื่องที่จะพาเรือรบเข้าไปในลำแม่น้ำจนถึงบางกอก มองซิเออร์เดอโวดรีคร์ จึงได้ตอบว่า การที่จะพาเรือเข้าไปในลำแม่น้ำในฤดูนี้ทำไม่ได้ เพราะน้ำในแม่น้ำกำลังท่วมตลิ่งและไหลเชี่ยวแรงมาก ถึงน้ำทะเลจะขึ้นก็ยังไม่พอทานกำลังกระแสเชี่ยวในลำแม่น้ำได้ และถ้าเรือเล็ก ๆ จะขึ้นไปตามลำแม่น้ำแล้ว ก็จะต้องทิ้งสมอลง และกว้านสมอนั้นพาเรือขึ้นไปทีละน้อย ๆ ซึ่งจะเป็นการกินเวลาไม่ต่ำกว่า ๑๕ วัน เพราะระยะตั้งแต่ด่านภาษีซึ่งตั้งอยู่ที่ปากน้ำถึงบางกอกนั้น เป็นระยะไกลถึง ๑๐ ไมล์ ”

แต่อย่างไรก็ตาม เดอลาลูแบร์ (Simon de la Loubare) ราชทูตฝรั่งเศสซึ่งเดินทางเข้ามาพร้อมเซเบเรต์ (ได้ให้รายละเอียดเพิ่มเติมไว้ในหนังสือ Du Royaume de Siam (จดหมายเหตุลาลูแบร์) ว่า “ในเดือนตุลาคม กระแสลมพัดผ่านมาทางทิศตะวันตกและทิศเหนือ ฝนก็หยุดตก ในเดือนพฤศจิกายน และธันวาคม สายลดพัดมาจากทิศเหนือ กวาดน่านน้ำ (ให้หมดเมฆ) และดูจะกระหน่ำลงทะเลอย่างแรงถึงขนาดกวาดน้ำที่ท่วมแผ่นดินอยู่ให้ลงทะเลไปได้ภายในไม่กี่วัน ตอนนี้กระแสน้ำขึ้นลงไหลอ่อนมาก ทำให้น้ำในแม่น้ำมีรสจืดไปได้ไกล (จากหน้าเมืองบางกอก) ถึง ๒ ลี้ หรือ ๓ ลี้ ”

บาทหลวงคูร์โตแลง ได้เขียนแผนที่สองฝั่งแม่น้ำตรงบางกอกในครั้งแผ่นดินสมเด็จพระนารายณ์มหาราชไว้ โดยมีป้อมบางกอกตั้งอยู่ทั้งฝั่งตะวันออกและฝั่งตะวันตกของแม่น้ำ และให้ชื่อสองฝั่งแม่น้ำตอนนี้ว่า Bankoc ข้างใต้ป้อมฝั่งตะวันออก มีโบสถ์ฝรั่งอยู่โบสถ์หนึ่งชื่อโบสถ์ Concepcion (อยู่แถบตลาดน้อย) และมีโบสถ์ทางพุทธศาสนาอยู่เหนือป้อมโบสถ์หนึ่ง (อยู่แถบวัดมหาธาตุยุวราชรังสฤษฎิ์) ข้างใต้ป้อมโบสถ์หนึ่ง (อยู่แถบวัดราชบูรณะ) ส่วนโบสถ์พุทธศาสนาทางฝั่งตะวันตกมีอยู่เป็นจำนวนมาก

โดยที่ภูมิสถานของเมืองบางกอกนั้นเป็นที่หัวโค้งเลี้ยวของแม่น้ำ ในต้นแผ่นดินสมเด็จพระนารายณ์มหาราช จึงได้มีการเล็งเห็นความสำคัญของบางกอกขึ้นอีกประการหนึ่งว่า นอกจากตั้งอยู่ริมแม่น้ำระหว่างปากน้ำกับกรุงศรีอยุธยา ซึ่งเป็นเมืองด่านสำคัญทางการค้าแล้ว ชัยภูมิของเมืองยังมีความสำคัญทางยุทธศาสตร์อีกด้วย

ธีระชัย และคณะ (2532 : 37-40) กล่าวว่า “พระราชพงศาวดารกรุงศรีอยุธยา บันทึกว่า เมื่อปี พ.ศ.2208 สมเด็จพระนารายณ์มหาราชทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้บาดหลวงโทมาส ชาติฝรั่งเศสเป็นผู้ทำการสร้างป้อมขึ้นตามตำบลต่างๆ หลายป้อม โดยมากไม่ปรากฏนามและปีที่สร้าง แต่ที่ปรากฏให้สร้างในปี พ.ศ.๒๒๐๘ นั้นคือ ที่เมืองลพบุรีแห่งหนึ่ง ที่เมืองนครศรีธรรมราชแห่งหนึ่ง ที่เมืองนครราชสีมาแห่งหนึ่ง ที่เมืองตะนาวศรีแห่งหนึ่ง และที่ปากคลองบางกอกใหญ่เมืองธนบุรีอีกแห่งหนึ่ง เรียกว่าป้อมวิชเยนทร์ ซึ่งเจ้าพระยาวิชาเยนทร์ เป็นผู้กำกับการสร้าง”

พระบรมราชวินิจฉัยของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงกล่าวไว้ว่า “ป้อมวิชัยประสิทธิ์นั้นสมเด็จพระนารายณ์มหาราชทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้บาทหลวงโทมาสสร้างขึ้นเมื่อปี พ.ศ.2217 และสร้างป้อมอื่นๆ อีกหลายป้อมแต่รื้อเสียหมดแล้ว ถึงแม้ปีที่สร้างจะไม่ปรากฏหลักฐานแน่นอน แต่อย่างไรก็ตามป้อมนี้เมื่อสร้างเสร็จแล้วได้รับพระราชทานนามว่า “ ป้อมวิชเยนทร์ ”

แต่ประชุมพงศาวดารฉบับหอพระสมุดแห่งชาติเล่ม ๕ ภาคที่ ๑๘ สำนักพิมพ์ก้าวหน้าจัดพิมพ์เมื่อปี พ.ศ.2507 หน้า 512 เขียนไว้มีใจความว่า เจ้าพระยาวิชเยนทร์ หรือ คอนสแตนติน ฟอลคอน เข้ามาในกรุงศรีอยุธยาในปีค.ศ.1675 ตรงกับ พ.ศ.2218 โดยมาในฐานะผู้ช่วยของยอร์ช ไวท์พ่อค้าชาวอังกฤษ

ส่วน History of Siam เขียนโดย W.A.R Wood ว่า ฟอลคอน มาถึงเมืองไทย เมื่อค.ศ.1678 ตรงกับ พ.ศ.2221 ต่อมาได้ขอเข้ารับราชการกับเจ้าพระยาโกษาธิบดี (ขุนเหล็ก) ในกรมพระคลังสินค้าเมื่อ พ.ศ.2223 (ค.ศ.1680)

พระราชพงศาวดารกรุงศรีอยุธยา ภาคที่ 2 ฉบับกรมตำรา กระทรวงธรรมการพิมพ์ครั้งที่ ๒ เมื่อ พ.ศ.๒๔๖๕ มีใจความตอนหนึ่งว่า “ ครั้งนั้น พระยาวิชาเยนทร์ ฝรั่ง กระทำราชการดีมีความชอบมากขึ้นทรงพระกรุณาโปรดเลื่อนที่เป็นเจ้าพระยาและให้บังคับราชการว่าที่สมุหนายก … อยู่มาเพลาหนึ่ง จึงเจ้าพระยาสมุหนายก กราบทูลพระกรุณาว่า เมืองพิษณุโลกเป็นหัวเมืองใหญ่กว่าฝ่ายเหนือ และที่ทางซึ่งจะรับราชศัตรูเมื่อจะมีมานั้น เห็นมิสู้มั่นคง และจะขอพระราชทานให้ก่อป้อมใหญ่ไว้สำหรับเมือง อนึ่งข้างฝ่ายปักษ์ใต้เล่า ขอให้ก่อป้อมใหม่ไว้ ณ เมืองธนบุรี ทั้งสองฟากฝั่งน้ำ และทำสายโซ่อันใหญ่ขึงขวางน้ำตลอดถึงกันทั้งสองฝั่งฟาก สำหรับจะป้องกันอรินทรราชไพรีจะมีมาทางทะเล สมเด็จพระเจ้าอยู่หัวตรัสเห็นชอบด้วยถ้อยคำเจ้าพระยาวิชาเยนทร์กราบทูลนั้น และทรงพระกรุณาดำรัสให้เจ้าพระยาวิชเยนทร์เป็นแม่กองก่อป้อม ณ เมืองพิษณุโลก และเมืองธนบุรีนั้นแล้วเสร็จทั้งสองตำบล ”

ข้อความที่คัดลอกมาข้างต้น ตรงกับพระราชพงศาวดารกรุงสยามฉบับบริติชมิวเซียม ที่สำนักพิมพ์ก้าวหน้าจัดพิมพ์เมื่อ พ.ศ. ๒๕๐๗ หน้า ๔๖๒ และ ๔๖๘ – ๔๖๙ ทุกประการ ต่างกันที่ตัวสะกดชื่อเจ้าพระยาวิชเยนทร์เท่านั้น

แต่พระราชพงศาวดารทั้งสองฉบับก็มิได้ระบุปีที่สร้างป้อม ในเรื่องนี้ธีระชัย และคณะ (2532 : 41) อ้างถึงขจร สุขพานิชที่กล่าวถึงเรื่องระยะเวลาที่สร้างป้อมไว้ว่า “ ป้อมทั้งสองนี้ต้องสร้างขึ้นในระหว่าง ๖ ปีสุดท้ายในรัชกาลสมเด็จพระนารายณ์ (ระหว่าง พ.ศ.๒๒๒๕ - ๒๒๓๑)”

หมายเหตุ
ข้อสังเกตว่าปีใดคือปีสุดท้ายในรัชกาลสมเด็จพระนารายณ์นั้น พระราชพงษาวดาร ฉบับพระราชหัตถเลขา ภาค ๒ (ม.ป.ป. : ๑๒๐) ได้ระบุไว้ดังนี้ “( ความเดิม ) ... พระเจ้าอยู่หัวก็สวรรคตในเพลาวันนั้น เปนวันพฤหัศบดีเดือนห้า แรมสามค่ำ ศักราช ๑๐๔๔ ปีจอจัตวาศก ๑ ” “... ( ความตามข้อความ ๑ ปีที่สมเด็จพระนารายน์สวรรคต ตามที่จดไว้ในหนังสือพงษาวดารนี้ผิด ที่จริงอีก ๖ ปีจึงสวรรคต เมื่อ ณ วันอาทิตย์ เดือน ๘ ขึ้น ๑๑ ค่ำ ปีมโรงจุลศักราช ๑๐๕๐ ตรงกับวันที่ ๑๑ กรกฎาคม คฤศต์ศักราช ๑๖๘๘ (ด.ร.)”

เมื่อดูจากพระราชพงศาวดารฯ ฉบับบริติชมิวเซียม พอจะประมาณได้ว่า วิชเยนทร์ดำรงตำแหน่งสมุหนายก เมื่อปี พ.ศ.๒๒๒๕ (ปีจอ จัตวาศก จุลศักราช ๑๐๔๔ ) ดังนั้นวิชเยนทร์คงจะถวายความเห็นในอันที่จะสร้างป้อมในปีเดียวกันนี้

เอกสารที่กล่าวถึงการสร้างป้อมที่เมืองธนบุรีอีกฉบับหนึ่งที่น่าจะนำมาพิจารณาหาตัวผู้ทำการก่อสร้างก็คือ จดหมายเหตุฟอร์บัง ในประชุมพงศาวดารภาคที่ ๘๐ เล่ม ๕๐ ความสำคัญโดยย่อว่า นายเรือโท เชอวาเลียร์ เดอ ฟอร์บัง (ต่่อมาได้รับพระราชทานบรรดาศักดิ์เป็นออกพระศักดิ์สงคราม มีตำแหน่งเป็นผู้บังคับป้อมและเป็นเจ้าเมืองที่บางกอกด้วย ) เดินทางมาถึงปากน้ำเจ้าพระยา เมื่อวันที่ ๒๓ กันยายน พ.ศ.๒๒๒๘ โดยมาพร้อมกับคณะราชทูตฝรั่งเศส ซึ่งสอดคล้องกับปรีดี พิศภูมิวิถี (2544 : 26-27) ที่กล่าวถึงความสัมพันธ์ระหว่างไทยและฝรั่งเศสในช่วงเวลานั้นว่า “สมเด็จพระนารายณ์ฯ ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้แต่งคณะราชทูตชุดแรกไปเจริญพระราชไมตรีกับประเทศฝรั่งเศสโดยมีออกพระพิพัฒน์ราชไมตรีเป็นราชทูต ออกหลวงศรีวิลาศสุนทรเป็นอุปทูต และออกขุนศรีวิชัยเป็นตรีทูต แต่คณะราชทูตชุดนี้ประสบเหตุเรืออับปางลงใกล้กับฝั่งตะวันออกของเกาะมาดากัสการ์

เมื่อสมเด็จพระนารายณ์ฯ ทรงทราบ จึงส่งคณะทูตชุดที่ ๒ ซึ่งประกอบด้วยขุนพิชัยวาทิต และออกขุนพิชิตไมตรีไปฝรั่งเศสอีกครั้งใน พ.ศ.๒๒๒๗ เพื่อสืบข่าวของคณะราชทูตชุดแรกและกระชับสัมพันธไมตรีให้แน่นแฟ้นยิ่งขึ้น คณะทูตชุดนี้เดินทางกลับมาถึงอยุธยาในต้น พ.ศ. ๒๒๒๘ พร้อมกับคณะราชทูตชุดแรกของพระเจ้าหลุยส์ที่ ๑๔ คือ เชอวาลิเยร์ เดอ โชมองต์ (Chevalier de Chaumont) และคณะ ”

การสร้างป้อมปราการที่เมืองธนบุรีทั้งสองฝั่งนั้น เชอวาเลียร์ เดอ โชมองต์ เป็นหัวหน้าคณะ เดอ ลามาร์ (de Lamare) เป็นวิศวกร ฟอร์บัง (Claude de Forbin) ได้รับมอบหมายให้เป็นผู้ควบคุมดูแล โดยมีวิชเยนทร์เป็นแม่กอง (ธีระชัย และคณะ , 2532 : 40)

“… เป็นที่น่าสังเกตว่า แผนผังการสร้างป้อมใหม่ที่บางกอกฝั่งตะวันออก ซึ่งมีสำเนาตกทอดมาจนถึงปัจจุบันนั้น ฝรั่งเศสได้ออกแบบสร้างอย่างมั่นคงและใหญ่โตมาก และเป็นแผนผังที่เขียนไว้ตั้งแต่ปีคริสต์ศักราช ๑๖๗๗ หรือพุทธศักราช ๒๒๒๐ ซึ่งเป็นเวลาก่อนที่ราชทูตฝรั่งเศสชุดนายเชอวาลิเอร์ เดอโชมองต์จะเข้ามาเมืองไทยถึง ๘ ปี แผนผังนี้เขียนเป็นภาษาฝรั่งเศสว่า Plan du project de la fortification de Bancocq ออกแบบเมื่อวันที่ ๒๔ ธันวาคม คริสต์ศักราช ๑๖๗๗ …”
( http://www.ekrungthep.com/Content/ShowContent.asp?ContentID=33, 30/11/47)

ธีระชัย และคณะ (2532 : 13-16) กล่าวถึงเรื่องนี้ว่า “ วิชเยนทร์และฟอร์บังได้วางผังวาดรูปป้อมปราการมีหอรบเป็นรูปห้าเหลี่ยม … และได้สร้างขึ้นทั้งสองฝั่งแม่น้ำเจ้าพระยาคือ ตรงที่เป็นป้อมวิชัยประสิทธิ์ในปัจจุบันป้อมหนึ่ง ส่วนอีกป้อมหนึ่งอยู่ฝั่งตรงข้ามคือบริเวณโรงเรียนราชินี โดยมีสายโซ่ขึงขวางแม่น้ำระหว่างป้อม

การก่อสร้างป้อมดำเนินไปอย่างล่าช้า เพราะอุบัติเหตุที่เกิดขึ้นทุกวันและไม่มีทางป้องกันได้ เป็นสาเหตุหนึ่งที่ทำให้งานล่าช้า เนื่องจากคนไทยเดินเท้าเปล่า คนงานที่ขุดดินจึงมักถูกงูกัด งูชนิดนี้ตัวเล็กสีเทายาวคืบเศษ พิษของมันร้ายแรงมาก คนที่ถูกกัดจะชักภายใน ๑ ชั่วโมง ถ้าแก้ไขไม่ทันจะตายภายใน ๒๔ ชั่วโมง ”

“สาเหตุอีกประการหนึ่งที่ถูกบันทึกไว้โดยนายเซเบเรต์ เมื่อคราวที่ เดอ ลาลูแบร์ได้ไปชมการก่อสร้างป้อม เมื่อวันที่ ๒๐ ตุลาคม พุทธศักราช ๒๒๓๐ เป็นป้อมบางกอกฝั่งตะวันออก ซึ่งกำลังสร้างใหม่ยังไม่แล้วเสร็จ (ตั้งอยู่ระหว่างวัดพระเชตุพนวิมลมังคลาราม และปากคลองตลาดในปัจจุบัน) คือ “ พื้นที่ดินในป้อมนี้เป็นเลนเป็นโคลน ถูกแดดหน้าก็แห้งแข็งเหมือนจะเป็นดินแข็งไปทั้งหมด แต่ครั้นขุดลงไปลึก ๖ ฟุตเท่านั้นก็เป็นเลนเป็นตมไปหมด เมื่อเอาท่อนเหล็กยาวตั้ง ๒๐ - ๒๕ ฟุตแทงลงไป ก็ไม่พบดินแข็งเลย ซึ่งพื้นที่ดินเป็นเช่นนี้ก็ต้องนับว่าเป็นพื้นที่เลวอย่างที่สุด ครั้นแล้วเราจึงได้กลับข้ามฟากไปที่ป้อมฝั่งตะวันตกที่ได้พักนอนเมื่อคืนนี้ …

… ป้อมบางกอกฝั่งตะวันออกนี้สร้างเสร็จเรียบร้อยแล้วในเดือนพฤษภาคม พุทธศักราช ๒๒๓๑” (http://www.ekrungthep.com/Content/ShowContent.asp?ContentID=33, 30/11/2547)

บันทึกลำดับเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นและ เหตุการณ์ที่เกี่ยวเนื่อง กับป้อม 2 ฝั่งแม่น้ำเจ้าพระยา ดังนี้

พ.ศ.2229 กบฏมักกะสัน สาเหตุมาจากพวกกบฏ (แขกมักกะสัน ที่เข้ามาพึ่งพระบรมโพธิสมภารในสมัยสมเด็จพระนารายณ์ฯ ) อ้างว่า สมเด็จพระนารายณ์จะทรงเข้ารีต และศาสนาคริสต์มีทีท่าว่าจะครอบงำทัศนคติไทย เป็นเหตุให้ต้องก่อการกบฏป้องกันไว้ก่อน

พ.ศ.2230 ฝรั่งเศสสะสมกำลังคิดจะเอาสยามเป็นเมืองขึ้น (ปรากฏตามประชุมพงศาวดาร ภาคที่ ๒๗ เล่ม ๑๖ หน้า ๒๐๕ – ๒๐๗) โดยส่งกองกำลังทหารจำนวนหนึ่งเข้ามาประจำที่บางกอก (ที่ป้อมเมืองธนบุรี ) และมะริด

พ.ศ.2231 พระเทพราชาทำรัฐประหาร ปราบดาภิเษกขึ้นเป็นกษัตริย์ และต้องการขับทหารฝรั่งเศสออกจากป้อมเมืองธนบุรีที่ประจำอยู่ที่ป้อมมาตั้งแต่แผ่นดินสมเด็จพระนารายณ์ฯ ผลปรากฎว่าป้อมฝั่งตะวันออกของแม่น้ำเจ้าพระยาได้รับความเสียหายอย่างหนัก ทหารฝรั่งเศสถูกขับออกไป

ข้อมูลกรุงเทพมหานคร จากเว็บไซต์ อี กรุงเทพ ดอทคอม ได้กล่าวถึงเรื่องราวในช่วงนี้ว่า “… เกิดเหตุการณ์ยุ่งยากขึ้นเมื่อสมเด็จพระนารายณ์มหาราชใกล้เสด็จสวรรคต สมเด็จพระเพทราชาทรงควบคุมพระราชอำนาจไว้ได้ ไม่โปรดให้มีกองทหารฝรั่งเศสมาตั้งอยู่ในราชอาณาจักรไทย จึงได้ส่งทหารไปขับไล่ฝรั่งเศสออกจากป้อมบางกอก กองทหารฝรั่งเศสต้องถอนกำลังออกจากป้อมบางกอกฝั่งตะวันตก มารวมกันอยู่ที่ป้อมฟากตะวันออก ข้างทหารไทยก็เข้ายึดป้อมฝั่งตะวันตกไว้ เกิดต่อสู้กัน เหตุการณ์ครั้งนี้เป็นครั้งแรกและครั้งสุดท้ายที่ป้อมบางกอกฝั่งตะวันออก ซึ่งเพิ่งจะสร้างเสร็จได้ใช้ประโยชน์ในการสู้รบ จดหมายเหตุของคณะบาทหลวงฝรั่งเศส (ประชุมพงศาวดารภาคที่ ๓๕ จดหมายเหตุของคณะบาทหลวงฝรั่งเศสซึ่งเข้ามาครั้งสมัยรัชกาลสมเด็จพระนารายณ์มหาราช) ได้บันทึกไว้ว่า “ทหารฝรั่งเศส … ได้ระเบิดปืนใหญ่ในป้อมฝั่งตะวันตก ๑๓ กระบอก และปืนกระบอกใดที่ระเบิดไม่ได้ ก็เจาะรูเสียทุกกระบอก แล้วขนอาวุธลูกกระสุนดินดำซึ่งอยู่ในป้อมนี้ ย้ายไปอยู่ป้อมฝั่งโน้น (ฝั่งตะวันออก) พอพวกฝรั่งเศสออกจากป้อมแล้ว พวกไทยก็เข้าไปยึดป้อมไว้ พอนายพลเดฟาร์ชเห็นว่าไทยเข้าไปอยู่ในป้อมแล้ว ก็ได้สั่งกองทหารฝรั่งเศสให้ไปตีเอาป้อมคืนมาจากไทย กองทหารไทยและฝรั่งเศสได้สู้รบกันช้านาน ทหารฝรั่งเศสสู้ไม่ได้ จึงได้ถอยเข้าไปอยู่ในป้อมฝั่งตะวันออก และได้กระทำการร้ายต่าง ๆ เป็นอันมาก ฝ่ายพระเจ้ากรุงสยามทรงพระราชดำริว่า พระเจ้ากรุงฝรั่งเศสคงจะไม่ทรงทราบว่านายพลกับกองทหารได้ทำการอย่างไร ทรงเห็นว่า ถ้าจะให้กองทหารไทยทำการสู้รบโดยเต็มฝีมือ ก็จะเกิดบาดหมางในพระราชไมตรี จึงเป็นแต่มีพระราชโองการสั่งให้ทำป้อมเล็ก ๆ และคูรอบป้อมใหญ่ และให้ทหารรักษาไว้ให้มั่นคง ทั้งทางบกและทางเรือ และให้คอยป้องกันอย่าให้พวกฝรั่งเศสออกจากป้อมได้ …

… นายพลเดฟาร์ชกับกองทหารกลับสานตะกร้าขึ้นวางบนเชิงเทินรอบป้อม แล้วเอาดินใส่ตะกร้า และทำสนามเพลาะในป้อมอีกชั้นหนึ่ง สนามเพลาะนี้ทำด้วยต้นตาลต้นใหญ่ๆ และคล้ายกับป้อมอีกป้อมหนึ่งต่างหาก และกองทหารก็ได้เอาปืนใหญ่เข้าบรรจุตามที่ยกพื้นขึ้นสำหรับวางปืนได้สองชั้นซ้อนกัน แล้วได้ระดมยิงปืนใหญ่ทำลายธง ทำลายโรงไว้ดินปืนด้วย ฝ่ายข้างไทยก็ได้จัดทหารรักษาป้อมฝั่งตะวันตก สำหรับยิงปืนและโยนลูกแตกเข้าไปในป้อมฝรั่งเศส แต่เกรงว่าจะไปถูกคนไทยด้วยกัน ทั้งเป็นการไม่สมควรทางพระราชไมตรี จึงเป็นแต่คอยยิงตอบโต้กับพวกฝรั่งเศสเท่านั้น แล้วฝรั่งเศสได้จับไทยที่เข้าใกล้ป้อมฆ่าและเอาศพเสียบไว้ให้ป้อมไทยเห็น ทำให้ข้าราชการไทยและชาวต่างประเทศโกรธแค้นมาก

… ต่อมาเมื่อนายพลเดส์ฟาร์ชและสมเด็จพระเพทราชาสามารถเจรจาสงบศึกกันได้ กองทหารฝรั่งเศสก็ยินยอมถอนตัวออกไปจากเมืองไทยโดยสิ้นเชิง ครั้นแล้วสมเด็จพระเพทราชาโปรดให้รื้อป้อมบางกอกฝั่งตะวันออกเสีย ด้วยทรงเห็นว่าสร้างใหญ่โตเกินกำลังทหารไทยจะรักษาไว้ได้ คงเหลือแต่ป้อมบางกอกฝั่งตะวันตก ซึ่งต่อมาเรียกกันอีกชื่อหนึ่งว่า “ป้อมวิไชเยนทร์” (http://www.ekrungthep.com/Content/ShowContent.asp?ContentID=33, 30/11/2547) หรือ "ป้อมวิชเยนทร์" และได้ใช้นามนี้อยู่ตลอดเวลาจนกรุงศรีอยุธยาเสียแก่พม่าข้าศึก (กรมยุทธศึกษาทหารเรือ, ม.ป.ป. : 32)

เหตุการณ์ในช่วงนี้ แคมเฟอร์ บรรยายสภาพของป้อมบนฝั่งแม่น้ำเจ้าพระยา (ป้อมวิไชเยนทร์) ภายหลังการต่อสู้ระหว่างทหารไทยกับฝรั่งเศสว่า “ เราแลเห็นป้อมใหญ่ ซึ่งฝรั่งเศสสร้างขึ้นบนฝั่งขวาของแม่น้ำ ป้อมนี้เสียหายมาก เหนือเมืองบางกอกมีผู้คนอาศัยหนาแน่นทั้งสองฝั่ง มีย่านเรือนตั้งอยู่เป็นหมู่บ้าน ” (ดร . แคมเฟอร์ เป็นนักวิชาการที่มีคุณวุฒิสูงกว่าฝรั่งทุกคนที่เข้ามาสยามในสมัยกรุงศรีอยุธยา ได้โดยสารเรือของฮอลันดาเข้าเขตน่านน้ำสยาม เมื่อวันที่ 28 พฤษภาคม พ.ศ.2233 และเดินทางกลับในวันที่ 23 กรกฎาคมปีเดียวกัน อยู่ในสยามเพียง 57 วัน) (ธีระชัย และคณะ , 2532 : 21)

จากเหตุการณ์ดังกล่าวส่งผลให้ความสัมพันธ์ระหว่างไทยและฝรั่งเศสต้องหยุดชะงักลง จนเสียกรุงศรีอยุธยาใน พ.ศ.2310 (ปรีดี พิศภูมิวิถี , 2544 : 27) และป้อมแห่งนี้อยู่ในความสงบเป็นเวลาติดต่อกันเกือบ 80 ปี

พ.ศ.2309 พระเจ้ามังระกรีธาทัพเข้าตีกรุงศรีอยุธยา

พ.ศ.2310 กรุงศรีอยุธยาแตก พม่าแต่งตั้งคนไทยชื่อ นายทองอินเป็นผู้รักษาเมืองธนบุรี คอยริบทรัพย์จับเชลยส่งไปให้สุกี้พระนายกองที่โพธิ์สามต้น

พ.ศ.2314 สมเด็จพระเจ้าตากสิน ทรงสถาปนาเมืองธนบุรีขึ้นเป็นราชธานี และทรงดัดแปลงป้อมวิชเยนทร์ ซึ่งตั้งอยู่ในที่ใกล้เคียงพระราชวัง (โดยโปรดเกล้าให้เกณฑ์ไพร่พลมาปรับปรุงพระนคร (เมืองธนบุรี) โดยตั้งค่ายทำด้วยไม้ทองหลางทั้งต้น ล้อมพระนครทั้งสองฝั่ง โดยทำเพียงฝั่งละสามด้าน ปล่อยด้านที่อยู่ริมแม่น้ำว่างไว้ … เอาแม่น้ำไว้หว่างกลางเหมือนอย่างเมืองพิษณุโลก) และพระราชทานนามใหม่ว่า “ ป้อมวิชัยประสิทธิ์ ”

พ.ศ.2317 สมเด็จพระเจ้าตากสิน สั่งให้ตัดหัวพระเทพโยธาเสียบประจานไว้ที่ป้อมวิชัยประสิทธิ์

พ.ศ.2324 พระยาสรรค์เป็นกบฏ เข้ากราบทูลให้สมเด็จพระเจ้าตากสินสละราชสมบัติและเสด็จออกผนวช

วันที่ 6 เมษายน พ.ศ.2325 สมเด็จพระเจ้าตากสิน ถูกนำไปสำเร็จโทษที่ป้อมวิชัยประสิทธิ์

วันที่ 6 เมษายน พ.ศ.2325 พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช ขึ้นครองราชสมบัติ จึงทรงย้ายราชธานีจากกรุงธนบุรีไปตั้ง ณ ฝั่งพระนคร ในระยะเวลาที่สร้างพระราชวังใหม่ยังไม่เรียบร้อย พระองค์ยังคงประทับที่พระราชวังเดิมประมาณ 2 เดือนเศษ เมื่อเสด็จไปประทับ ณ พระราชวังใหม่ พระราชวังเดิมจึงว่างลง แต่ยังคงเป็นสถานที่สำคัญ เพราะมีป้อมปราการสำหรับรักษาพระนคร (กรมยุทธศึกษาทหารเรือ, ม.ป.ป. : 15 )

พ.ศ.2328 ทรงให้รื้อป้อมวิไชเยนทร์ (ป้อมวิชเยนทร์) ฝั่งตะวันออกเพื่อขยายพระนคร

“ ลุศักราช 1147 ปีมเสงสับดศกนั้น ทรงพระกรุณาให้ตั้งกองศักเลขไพร่หลวงสมกำลังแลเลขหัวเมืองทั้งเดิมขึ้นศักหลังมือทั้งสิ้น แล้วให้เกณฑ์เลขหัวเมืองขึ้นทั้งไทยลาวเขมรทั้งปวง กับเลขไพร่หลวงสมกำลังเกณฑ์ทำอิฐจะก่อกำแพงสร้างพระนครใหม่ ให้รื้อป้อมวิไชเยนทร์แลกำแพงเมืองเก่าฟากตะวันออกเสีย ขยายพระนครให้กว้างออกไปกว่าเก่า ...” ( พระราชพงษาวดาร ฉบับพระราชหัตถเลขา ภาค 3, ม.ป.ป. : 184) และทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้เจ้าฟ้ากรมหลวงธิเบศร์บดินทร์ พระราชโอรสองค์กลางของสมเด็จพระพี่นางเธอพระองค์ใหญ่เสด็จไปประทับ ครั้นเจ้าฟ้ากรมหลวงธิเบศร์บดินทร์ สิ้นพระชนม์ (วันจันทร์ เดือน 8 ขึ้น 12 ค่ำ ปีมะเส็ง พ.ศ.2328 ตรงกับวันที่ 18 กรกฎาคม 2328) จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้พระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย ตั้งแต่ดำรงพระราชอิสริยยศเป็น สมเด็จฯ เจ้าฟ้ากรมหลวงอิศรสุนทร เสด็จไปประทับที่พระราชวังเดิม

พ.ศ.2347 พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว เสด็จพระราชสมภพ ณ พระราชวังเดิม กรุงธนบุรี ในวันพฤหัสบดีที่ 18 ตุลาคม พ.ศ.2347 แต่เมื่อสมเด็จพระชนกนาถ ดำรงพระยศเป็นสมเด็จพระเจ้าลูกเธอ เจ้าฟ้ากรมหลวงอิศรสุนทร (พระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย) และเจ้าฟ้าบุญรอด (สมเด็จพระศรีสุริเยนทราบรมราชินี) (มหากษัตราธิราช : จากวันพระราชสมภพถึงสวรรคต, 2544 : 315)

และเมื่อ สมเด็จพระเจ้าลูกเธอ เจ้าฟ้ากรมหลวงอิศรสุนทรได้รับ พระราชทานอุปราชอภิเษกเป็นพระมหาอุปราชกรมพระราชวังบวรฯ แล้ว ก็ยังทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ประทับอยู่ที่พระราชวังเดิมต่อมาจนสิ้นรัชกาลที่ 1 (วันจันทร์ เดือน 7 ขึ้น 7 ค่ำ ปีมะเมีย พ.ศ.2352 ตรงกับวันที่ 7 กันยายน 2352)

ในสมัยรัชกาลที่ 2 พระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้กรมหลวงพิทักษ์มนตรี เสด็จไปประทับที่พระราชวังเดิม ครั้นเจ้าฟ้ากรมหลวงพิทักษ์มนตรีสิ้นพระชนม์ (วันจันทร์ เดือน 7 ขึ้น 7 ค่ำ ปีมะเมีย พ.ศ.2365 ตรงกับวันที่ 27 พฤษภาคม 2365) จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานพระราชวังเดิมให้เป็นที่ประทับของพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ในขณะนั้นดำรงพระราชอิสริยยศเป็นสมเด็จฯ เจ้าฟ้ามงกุฎฯ

ในรัชกาลที่ 3 ขณะที่พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงผนวชอยู่ตลอดรัชกาลนั้น สมเด็จพระศรีสุริเยนทราบรมราชินี (ทรงเฉลิมพระปรมาภิไธยเป็นกรมสมเด็จพระศรีสุริเยนทรา มาตย์ในสมัยรัชกาลที่ 4) เสด็จออกไปประทับอยู่ที่พระราชวังเดิมพร้อมด้วยพระปิ่นเกล้าเจ้าอยู่หัว เมื่อยังทรงพระราชอิสริยยศเป็นสมเด็จพระเจ้าน้องยาเธอ เจ้าฟ้ากรมขุนอิศเรศรังสรรค์ และสมเด็จพระศรีสุริเยนทราบรมราชินี เสด็จสวรรคตที่พระราชวังเดิมนั้น

พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงโปรดให้ย้ายพระตำหนักสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช หรือที่เรียกอีกอย่างหนึ่งว่าตำหนักทอง มาไว้ที่วัดระฆังโฆษิตาราม (ปัจจุบันเป็นกุฏิเจ้าอาวาส) แต่สุนิสา มั่นคง (2545 : 217) กล่าวว่า “ พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช โปรดให้รื้อมาปลูกที่วัดระฆังทางด้านใต้พระอุโบสถ เพื่อให้เป็นที่ประทับของสมเด็จพระสังฆราช (สี) ”

ในสมัยรัชกาลที่ 4 เมื่อพระบาทสมเด็จพระปิ่นเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงได้รับบวรราชาภิเษกแล้วเสด็จไปประทับ ณ พระบวรราชวัง กรมหมื่นบวรวิไชยชาญ (กรมพระราชวังบวรสถานมงคล ในรัชสมัยรัชกาลที่ 5) พระราชโอรสของพระองค์ได้เสด็จประทับต่อมา จนเมื่อพระบาทสมเด็จพระปิ่นเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงสร้างวังพระราชทานแล้ว กรมหมื่นบวรวิไชยชาญได้เสด็จไปประทับที่วังใหม่ พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว จึงทรงโปรดเกล้าฯ โปรดให้พระเจ้าน้องยาเธอกรมหลวงวงศาธิราชสนิท เสด็จไปประทับที่พระราชวังเดิมต่อมาสิ้นพระชนม์ (วันพุธ เดือน 10 ขึ้น 6 ค่ำ ปีมะเมีย พ.ศ.2413 ตรงกับวันที่ 31 สิงหาคม พ.ศ.2413)

พ.ศ.2416 พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าฯ ทรงพระราชทานที่อยู่ให้หมอบรัดเลเช่า ณ ริมคลองบางกอกใหญ่ นอกกำแพงพระราชวังเดิม (อยู่ด้านหลังและห่างจากป้อมวิชัยประสิทธิ์ออกไปไม่กี่สิบเมตร เอกสารของกองประวัติศาสตร์ กรมยุทธการทหารเรือ ระบุว่า มีเนื้อที่ 4 ไร่ 2 งาน 22 ตารางวา) เพื่อทำกิจการด้านการแพทย์ มิชชันนารี และตั้งโรงพิมพ์

ในสมัยรัชกาลที่ 5 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้สมเด็จพระเจ้าน้องยาเธอจาตุรนต์รัศมี กรมพระจักรพรรดิพงศ์เสด็จไปประทับ ณ พระราชวังเดิม ครั้นเมื่อสมเด็จเจ้าฟ้าฯ กรมพระจักรพรรดิพงศ์ สิ้นพระชนม์ พระราชวังเดิมจึงว่างลง ในครั้งแรกทรงมีพระราชดำริไว้ว่าจะทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานให้พระเจ้าน้องยาเธอเจ้าฟ้ากรมขุนนริศรานุวัดติวงศ์มาประทับที่พระราชวังเดิม เมื่อพลเรือโท พระชลยุทธโยธินทร์ ผู้บัญชาการกรมทหารเรือได้หารือกับกรมหมื่นมหิศรราชหฤทัย เสนาบดีกระทรวงพระคลังมหาสมบัติ ถึงเรื่องจะขอพระราชทานพระราชวังเดิมเป็นที่ตั้งโรงเรียนนายเรือเพราะเป็นที่ดินติดกับแม่น้ำ กับทั้งยังเป็นที่ใกล้เดินไปมาถึงกันกับที่ว่าการกรมทหารเรือ (ขณะนั้นอยู่พระราชนิเวศน์เดิม) ซึ่งจะทำให้ดูแลได้อย่างทั่วถึงและด้านหน้าพระราชวังเดิมจะใช้เป็นที่จอดเรือฝึกหัดได้ กรมหมื่นมหิศรราชหฤทัยทรงเห็นด้วยและได้นำความขึ้นกราบบังคมทูล พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงเห็นชอบตามคำกราบบังคมทูล จึงทรงตัดสินพระทัยเปลี่ยนพระราชดำริเดิมให้เป็นที่ตั้งโรงเรียนนายเรือตั้งแต่วันที่ 23 กุมภาพันธ์ พ.ศ.2443 และทรงขอให้รักษาซ่อมแซมของที่ปลูกสร้างที่มีมาแต่เดิม ได้แก่ ท้องพระโรง พระตำหนักเก๋งของพระบาทสมเด็จพระปิ่นเกล้าเจ้าอยู่หัว ศาลเจ้าตาก ศาลศีรษะปลาวาฬ ป้อมวิชัยประสิทธิ์จึงอยู่ในความดูแลของทหารเรือตั้งแต่นั้นมา ป้อมนี้เป็นที่ตั้งเสาชักธงผู้บัญชาการทหารเรือ และใช้เป็นที่ยิงปืนเที่ยง ยิงปืนพระราชพิธี และยิงปืนสลุต

วันที่ 20 พฤศจิกายน พ.ศ.2449 ทรงเสด็จพระราชดำเนินมาทรงเปิดโรงเรียนนายเรือ

พ.ศ.2489 พระราชวังเดิมว่างลง เนื่องจากมีการสร้างโรงเรียนนายเรือขึ้นใหม่ที่เกล็ด แก้ว เพราะสถานที่คับแคบ

พ.ศ.2492 กองทัพเรือได้ดัดแปลงแก้ไขต่อเติมตัวอาคารโรงเรียนเดิม เป็นแบบทรงไทย เพื่อใช้เป็นที่ตั้งกองบัญชาการกองทัพเรือ

วันศุกร์ที่ 29 มิถุนายน พ . ศ .2494 เกิดกบฏแมนฮัตตัน เนื่องจากทหารเรือจำนวนหนึ่งได้จับตัว จอมพล ป . พิบูลสงคราม นายกรัฐมนตรีไว้เป็นตัวประกันเพื่อเรียกร้องให้คณะรัฐบาลลาออก รัฐบาลปฏิเสธและปราบปรามกลุ่มกบฏได้ ชื่อกบฏครั้งนี้ตั้งตามชื่อเรือขุดสันดอนที่สหรัฐอเมริกามอบให้ไทย โดยจอมพล ป . พิบูลสงครามเป็นผู้รับมอบ

พ.ศ.2514 กองทัพเรือ ได้นำธงราชนาวีชักขึ้นที่เสาธงป้อมวิชัยประสิทธิ์ร่วมกับธงผู้บัญชาการทหารเรือด้วย โดยชักธงผู้บัญชาการทหารเรือที่ยอดเสา และสร้างเสากราฟขึ้นใหม่เพื่อชักธงราชนาวีเป็นเครื่องหมายแห่งความเป็นเอกราชอธิปไตย และเกียรติของประเทศชาติและราชนาวีไทย

พ.ศ.2522 กองทัพเรือได้กลับมาใช้ป้อมวิชัยประสิทธิ์ เป็นสถานที่ยิงสลุตอีกครั้งหนึ่ง เนื่องจากเรือหลวงขนาดใหญ่ซึ่งทำหน้าที่ยิงสลุตในกรุงเทพฯ ไม่สามารถแล่นผ่านสะพาน (สะพานพระพุทธยอดฟ้า) ได้อีกต่อไปแล้ว โดยทำการยิงสลุตครั้งแรกเมื่อวันที่ 5 ธันวาคม พ.ศ.2522 เนื่องในวันเฉลิมพระชนมพรรษาของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดช (กรมยุทธศึกษาทหารเรือ, ม.ป.ป. : 33)

ปัจจุบันกองทัพเรือได้บูรณะซ่อมแซมและตกแต่งบำรุงรักษาป้อมแห่งนี้ให้อยู่ในสภาพที่ดีมาโดยตลอด และกรมศิลปากรได้ขึ้นทะเบียนป้อมวิชัยประสิทธิ์เป็นโบราณสถานของชาติ